------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Top-ranked similarities (based on backbone shifts), as measured by a combination of score and contiguity. Some relevant parameters: HELIX min length: 5 STRAND min length: 3 shift-tolerance = -10 permissible-violations = 4 max-breaks = NIL retain-m = 100 best-n = 100 anglethresh = 0.5 septhresh = 5 min_length = 4 rmsd-tol = 9.9999999999999E12 Legend: ( ix1 chain1 ) ( ix2 chain2 ) rho___12 rho___21 L2_ERROR (Xbad Xsig Xtot) BRK maxrho12 maxrho21 SS1 SS2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ( 317 1b8d_A) ( 25 1a28_A) 0.2440 0.2227 14.4621 ( 2 5 6) 0 0.3929 0.3158 9 14 ( 317 1b8d_A) ( 41 1a4i_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 51 1a6c_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 62 1a79_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 64 1a7s ) nil ( 317 1b8d_A) ( 77 1a8r_A) 0.4405 0.3071 15.7310 ( 0 5 6) 0 0.4405 0.3071 9 13 ( 317 1b8d_A) ( 91 1aa6 ) 0.4440 0.1143 8.8306 ( 0 1 6) 0 0.4443 0.1411 9 35 ( 317 1b8d_A) ( 96 1aba ) nil ( 317 1b8d_A) ( 129 1ahs_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 136 1aiu ) 0.2860 0.2909 11.6543 ( 1 3 6) 0 0.2860 0.2909 9 8 ( 317 1b8d_A) ( 147 1all_A) 0.8827 0.9890 3.6067 ( 1 22 28) 0 0.8827 0.9890 9 8 ( 317 1b8d_A) ( 150 1aln ) 0.4442 0.4996 7.7431 ( 0 4 6) 0 0.4442 0.4996 9 8 ( 317 1b8d_A) ( 153 1aly ) nil ( 317 1b8d_A) ( 155 1am7_A) 0.3525 0.3670 7.7667 ( 1 4 6) 0 0.3525 0.3670 9 8 ( 317 1b8d_A) ( 157 1amf ) 0.2441 0.1835 9.5239 ( 2 5 6) 0 0.2441 0.1835 9 20 ( 317 1b8d_A) ( 161 1an8 ) nil ( 317 1b8d_A) ( 162 1an8 ) nil ( 317 1b8d_A) ( 169 1aoh_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 177 1aoz_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 191 1aqz_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 198 1at0 ) nil ( 317 1b8d_A) ( 207 1aua ) 0.3521 0.2853 12.6824 ( 1 4 6) 0 0.3521 0.2853 9 13 ( 317 1b8d_A) ( 233 1axi_B) nil ( 317 1b8d_A) ( 259 1b0b ) 0.6455 0.7914 5.4255 ( 1 11 15) 0 0.6455 0.7914 9 7 ( 317 1b8d_A) ( 293 1b5l ) nil ( 317 1b8d_A) ( 300 1b6a ) nil ( 317 1b8d_A) ( 305 1b6r_A) 0.3901 0.2459 17.8248 ( 1 5 6) 0 0.3901 0.2459 9 16 ( 317 1b8d_A) ( 307 1b74_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 315 1b8a_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 317 1b8d_A) 1.0000 1.0000 0.0000 ( 0 29 36) 0 1.0000 1.0000 9 9 ( 317 1b8d_A) ( 329 1b9o_A) 0.4438 0.5693 9.7605 ( 0 5 6) 0 0.4438 0.5693 9 7 ( 317 1b8d_A) ( 340 1bb9 ) nil ( 317 1b8d_A) ( 350 1bd7_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 351 1bd8 ) 0.4443 0.4443 6.2551 ( 0 1 6) 0 0.4443 0.4443 9 9 ( 317 1b8d_A) ( 360 1beb_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 361 1bed ) 0.4443 0.3333 7.2259 ( 0 3 6) 0 0.4443 0.3429 9 12 ( 317 1b8d_A) ( 365 1bf2 ) nil ( 317 1b8d_A) ( 367 1bf2 ) nil ( 317 1b8d_A) ( 372 1bfg ) nil ( 317 1b8d_A) ( 387 1bhg_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 405 1bih_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 417 1bkf ) nil ( 317 1b8d_A) ( 420 1bkz_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 433 1bo4_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 442 1bou_B) 0.3936 0.1987 7.7704 ( 1 5 6) 0 0.3936 0.2102 9 20 ( 317 1b8d_A) ( 460 1btn ) nil ( 317 1b8d_A) ( 472 1bup_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 491 1byf_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 495 1byr_A) 0.2861 0.2644 10.1530 ( 1 3 6) 0 0.2861 0.2644 9 12 ( 317 1b8d_A) ( 541 1c8b_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 543 1c8n_A) 0.1980 0.1895 10.9976 ( 2 4 6) 0 0.1980 0.1895 9 14 ( 317 1b8d_A) ( 553 1cb8_A) 0.4437 0.2666 10.2407 ( 0 3 6) 0 0.4443 0.2667 9 15 ( 317 1b8d_A) ( 561 1cc8_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 584 1cg2_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 587 1cgh_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 609 1cjc_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 619 1ckm_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 624 1cl1_A) 0.4400 0.1481 16.1969 ( 0 3 6) 0 0.4656 0.2201 9 27 ( 317 1b8d_A) ( 635 1cmx_A) 0.4438 0.3076 9.9757 ( 0 4 6) 0 0.4438 0.3076 9 13 ( 317 1b8d_A) ( 672 1cs8_A) 0.4441 0.2000 8.3234 ( 0 4 6) 0 0.4441 0.2000 9 20 ( 317 1b8d_A) ( 678 1ct9_A) 0.4440 0.1818 8.9770 ( 0 5 6) 0 0.6432 0.2724 9 22 ( 317 1b8d_A) ( 683 1cuk ) nil ( 317 1b8d_A) ( 719 1d0n_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 729 1d2f_A) 0.4439 0.1905 9.3625 ( 0 4 6) 0 0.4439 0.1905 9 21 ( 317 1b8d_A) ( 735 1d2p_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 740 1d3b_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 765 1d7p_M) nil ( 317 1b8d_A) ( 767 1d7y_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 782 1dbh_A) 0.5518 0.3567 11.7146 ( 0 8 10) 0 0.5518 0.3567 9 14 ( 317 1b8d_A) ( 792 1dce_B) 0.5545 0.3570 8.5521 ( 0 6 10) 0 0.5545 0.3570 9 14 ( 317 1b8d_A) ( 795 1dcj_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 796 1dcp_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 801 1dcz_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 812 1de4_C) nil ( 317 1b8d_A) ( 818 1df7_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 819 1df9_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 824 1dfc_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 834 1dgs_A) 0.4443 0.3077 6.1526 ( 0 3 6) 0 0.6663 0.4615 9 13 ( 317 1b8d_A) ( 861 1dki_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 901 1doz_A) 0.4423 0.1904 13.4022 ( 0 4 6) 0 0.4423 0.2310 9 21 ( 317 1b8d_A) ( 904 1dp7_P) nil ( 317 1b8d_A) ( 913 1dq3_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 928 1drk ) 0.4432 0.1905 11.6180 ( 0 4 6) 0 0.4432 0.2316 9 21 ( 317 1b8d_A) ( 937 1dtj_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 943 1dus_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 945 1duv_G) 0.4427 0.3074 12.8064 ( 0 5 6) 0 0.4427 0.3074 9 13 ( 317 1b8d_A) ( 949 1dv1_A) 0.3519 0.3781 13.4448 ( 1 4 6) 1 0.3519 0.3781 9 7 ( 317 1b8d_A) ( 960 1dx4_A) 0.4442 0.1212 7.9658 ( 0 5 6) 0 0.5551 0.1535 9 33 ( 317 1b8d_A) ( 978 1dys_A) 0.3517 0.2171 14.4377 ( 1 4 6) 0 0.3517 0.2171 9 18 ( 317 1b8d_A) ( 980 1dz3_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 1005 1e29_A) 0.1248 0.1249 11.7882 ( 4 5 6) 0 0.1248 0.1249 9 7 ( 317 1b8d_A) ( 1007 1e2t_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 1008 1e2w_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 1034 1e4f_T) 0.3523 0.2853 11.3547 ( 1 4 6) 0 0.3523 0.2853 9 13 ( 317 1b8d_A) ( 1043 1e5k_A) 0.4440 0.3076 8.9176 ( 0 3 6) 0 0.4440 0.3076 9 13 ( 317 1b8d_A) ( 1082 1ea5_A) 0.4433 0.1176 11.5455 ( 0 5 6) 0 0.4433 0.1576 9 34 ( 317 1b8d_A) ( 1084 1eaf ) nil ( 317 1b8d_A) ( 1121 1eej_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 1124 1eem_A) 0.4441 0.4993 8.6719 ( 0 0 6) 0 0.4441 0.4993 9 8 ( 317 1b8d_A) ( 1165 1ehy_A) 0.4438 0.2105 10.1089 ( 0 5 6) 0 0.4438 0.2105 9 19 ( 317 1b8d_A) ( 1167 1ei1_A) 0.4151 0.3817 12.0500 ( 1 6 6) 0 0.4151 0.3817 9 10 ( 317 1b8d_A) ( 1169 1ei5_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 1195 1ekm_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 1201 1el5_A) 0.1658 0.1485 12.6728 ( 3 5 6) 0 0.1658 0.1485 9 21 ( 317 1b8d_A) ( 1204 1elj_A) 0.3525 0.1530 9.1499 ( 1 4 6) 0 0.5531 0.1923 9 26 ( 317 1b8d_A) ( 1210 1elw_A) 0.2861 0.2945 8.6788 ( 1 3 6) 0 0.2861 0.2945 9 7 ( 317 1b8d_A) ( 1211 1em2_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 1217 1enf_A) nil ( 317 1b8d_A) ( 1224 1eo9_A) nil ( 317 1b8d_A) 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