------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Top-ranked similarities (based on backbone shifts), as measured by a combination of score and contiguity. Some relevant parameters: HELIX min length: 5 STRAND min length: 3 shift-tolerance = -10 permissible-violations = 4 max-breaks = NIL retain-m = 100 best-n = 100 anglethresh = 0.5 septhresh = 5 min_length = 4 rmsd-tol = 9.9999999999999E12 Legend: ( ix1 chain1 ) ( ix2 chain2 ) rho___12 rho___21 L2_ERROR (Xbad Xsig Xtot) BRK maxrho12 maxrho21 SS1 SS2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ( 3256 1kbv_A) ( 25 1a28_A) 0.1633 0.1622 12.4213 ( 3 5 6) 0 0.2284 0.2228 13 14 ( 3256 1kbv_A) ( 41 1a4i_A) nil ( 3256 1kbv_A) ( 51 1a6c_A) 0.3846 0.4545 3.5640 ( 0 4 10) 0 0.6072 0.7089 13 11 ( 3256 1kbv_A) ( 62 1a79_A) 0.3077 0.5705 7.9582 ( 0 1 6) 0 0.3077 0.5708 13 7 ( 3256 1kbv_A) ( 64 1a7s ) 0.3077 0.3077 5.1845 ( 0 3 6) 0 0.4750 0.4750 13 13 ( 3256 1kbv_A) ( 77 1a8r_A) 0.3076 0.3076 9.8935 ( 0 2 6) 0 0.3840 0.3840 13 13 ( 3256 1kbv_A) ( 91 1aa6 ) 0.3076 0.1143 9.9545 ( 0 5 6) 0 0.3699 0.1594 13 35 ( 3256 1kbv_A) ( 96 1aba ) 0.1919 0.1992 9.0864 ( 1 2 6) 1 0.1919 0.1992 13 7 ( 3256 1kbv_A) ( 129 1ahs_A) 0.3844 0.5544 8.7382 ( 0 1 10) 0 0.4074 0.5544 13 9 ( 3256 1kbv_A) ( 136 1aiu ) 0.3077 0.4999 5.6019 ( 0 0 6) 0 0.3077 0.4999 13 8 ( 3256 1kbv_A) ( 147 1all_A) nil ( 3256 1kbv_A) ( 150 1aln ) 0.0997 0.0999 6.7961 ( 1 1 6) 0 0.0997 0.0999 13 8 ( 3256 1kbv_A) ( 153 1aly ) 0.4615 0.6664 4.8435 ( 0 1 15) 0 0.6151 0.8872 13 9 ( 3256 1kbv_A) ( 155 1am7_A) 0.3076 0.4990 9.5941 ( 0 5 6) 0 0.3076 0.4990 13 8 ( 3256 1kbv_A) ( 157 1amf ) 0.3077 0.2000 7.1228 ( 0 5 6) 0 0.4025 0.2910 13 20 ( 3256 1kbv_A) ( 161 1an8 ) 0.2284 0.2441 9.5665 ( 2 5 6) 0 0.2284 0.2441 13 9 ( 3256 1kbv_A) ( 162 1an8 ) 0.3077 0.4995 7.9111 ( 0 1 6) 0 0.3077 0.4995 13 8 ( 3256 1kbv_A) ( 169 1aoh_A) 0.4614 0.5451 6.7355 ( 0 2 15) 0 0.6406 0.7155 13 11 ( 3256 1kbv_A) ( 177 1aoz_A) 0.6923 0.9999 2.4945 ( 0 19 36) 0 0.6923 0.9999 13 9 ( 3256 1kbv_A) ( 191 1aqz_A) 0.3845 0.6241 7.0234 ( 0 4 10) 0 0.3845 0.6241 13 8 ( 3256 1kbv_A) ( 198 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