------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Top-ranked similarities (based on backbone shifts), as measured by a combination of score and contiguity. Some relevant parameters: HELIX min length: 5 STRAND min length: 3 shift-tolerance = -10 permissible-violations = 4 max-breaks = NIL retain-m = 100 best-n = 100 anglethresh = 0.5 septhresh = 5 min_length = 4 rmsd-tol = 9.9999999999999E12 Legend: ( ix1 chain1 ) ( ix2 chain2 ) rho___12 rho___21 L2_ERROR (Xbad Xsig Xtot) BRK maxrho12 maxrho21 SS1 SS2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ( 4216 1nek_B) ( 25 1a28_A) 0.5694 0.2856 9.7089 ( 0 5 6) 0 0.5694 0.2856 7 14 ( 4216 1nek_B) ( 41 1a4i_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 51 1a6c_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 62 1a79_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 64 1a7s ) nil ( 4216 1nek_B) ( 77 1a8r_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 91 1aa6 ) 0.5685 0.1143 10.6123 ( 0 3 6) 0 0.5685 0.1189 7 35 ( 4216 1nek_B) ( 96 1aba ) nil ( 4216 1nek_B) ( 129 1ahs_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 136 1aiu ) nil ( 4216 1nek_B) ( 147 1all_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 150 1aln ) nil ( 4216 1nek_B) ( 153 1aly ) nil ( 4216 1nek_B) ( 155 1am7_A) 0.5685 0.4985 10.6389 ( 0 5 6) 0 0.5710 0.4998 7 8 ( 4216 1nek_B) ( 157 1amf ) nil ( 4216 1nek_B) ( 161 1an8 ) nil ( 4216 1nek_B) ( 162 1an8 ) nil ( 4216 1nek_B) ( 169 1aoh_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 177 1aoz_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 191 1aqz_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 198 1at0 ) nil ( 4216 1nek_B) ( 207 1aua ) 0.5691 0.3076 9.9979 ( 0 3 6) 0 0.5691 0.3076 7 13 ( 4216 1nek_B) ( 233 1axi_B) nil ( 4216 1nek_B) ( 259 1b0b ) 0.7131 0.7131 6.3989 ( 0 8 10) 0 0.8054 0.8054 7 7 ( 4216 1nek_B) ( 293 1b5l ) 0.5689 0.6612 10.2605 ( 0 0 6) 0 0.7101 0.8244 7 6 ( 4216 1nek_B) ( 300 1b6a ) nil ( 4216 1nek_B) ( 305 1b6r_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 307 1b74_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 315 1b8a_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 317 1b8d_A) 0.2945 0.2862 6.4087 ( 1 3 6) 0 0.2945 0.2862 7 9 ( 4216 1nek_B) ( 329 1b9o_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 340 1bb9 ) nil ( 4216 1nek_B) ( 350 1bd7_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 351 1bd8 ) 0.5694 0.4439 9.6533 ( 0 1 6) 0 0.5694 0.4439 7 9 ( 4216 1nek_B) ( 360 1beb_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 361 1bed ) 0.1664 0.1642 7.9961 ( 3 5 6) 0 0.1664 0.1642 7 12 ( 4216 1nek_B) ( 365 1bf2 ) nil ( 4216 1nek_B) ( 367 1bf2 ) nil ( 4216 1nek_B) ( 372 1bfg ) nil ( 4216 1nek_B) ( 387 1bhg_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 405 1bih_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 417 1bkf ) nil ( 4216 1nek_B) ( 420 1bkz_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 433 1bo4_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 442 1bou_B) 0.1664 0.1510 10.4039 ( 3 5 6) 0 0.1664 0.1510 7 20 ( 4216 1nek_B) ( 460 1btn ) nil ( 4216 1nek_B) ( 472 1bup_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 491 1byf_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 495 1byr_A) 0.5701 0.3332 8.6900 ( 0 5 6) 0 0.5703 0.3333 7 12 ( 4216 1nek_B) ( 541 1c8b_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 543 1c8n_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 553 1cb8_A) 0.5713 0.2667 4.7378 ( 0 1 6) 0 0.5713 0.2667 7 15 ( 4216 1nek_B) ( 561 1cc8_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 584 1cg2_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 587 1cgh_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 609 1cjc_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 619 1ckm_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 624 1cl1_A) 0.2477 0.1439 9.8361 ( 2 5 6) 0 0.2477 0.1439 7 27 ( 4216 1nek_B) ( 635 1cmx_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 672 1cs8_A) 0.1498 0.1400 14.9198 ( 2 3 6) 0 0.1498 0.1400 7 20 ( 4216 1nek_B) ( 678 1ct9_A) 0.4453 0.1810 7.6474 ( 1 5 6) 0 0.5938 0.2266 7 22 ( 4216 1nek_B) ( 683 1cuk ) nil ( 4216 1nek_B) ( 719 1d0n_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 729 1d2f_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 735 1d2p_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 740 1d3b_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 765 1d7p_M) nil ( 4216 1nek_B) ( 767 1d7y_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 782 1dbh_A) 0.5709 0.2857 6.8634 ( 0 2 6) 0 0.5709 0.2972 7 14 ( 4216 1nek_B) ( 792 1dce_B) 0.5711 0.2857 6.2349 ( 0 3 6) 0 0.5711 0.2857 7 14 ( 4216 1nek_B) ( 795 1dcj_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 796 1dcp_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 801 1dcz_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 812 1de4_C) nil ( 4216 1nek_B) ( 818 1df7_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 819 1df9_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 824 1dfc_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 834 1dgs_A) 0.5694 0.3076 9.7219 ( 0 5 6) 0 0.5694 0.3076 7 13 ( 4216 1nek_B) ( 861 1dki_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 901 1doz_A) 0.4440 0.1895 12.4105 ( 1 5 6) 0 0.4440 0.1895 7 21 ( 4216 1nek_B) ( 904 1dp7_P) nil ( 4216 1nek_B) ( 913 1dq3_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 928 1drk ) nil ( 4216 1nek_B) ( 937 1dtj_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 943 1dus_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 945 1duv_G) 0.2477 0.2284 10.6710 ( 2 5 6) 0 0.2477 0.2284 7 13 ( 4216 1nek_B) ( 949 1dv1_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 960 1dx4_A) 0.3790 0.1210 6.8097 ( 1 4 6) 0 0.3790 0.1210 7 33 ( 4216 1nek_B) ( 978 1dys_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 980 1dz3_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 1005 1e29_A) 0.1664 0.1664 8.8572 ( 3 5 6) 0 0.1664 0.1664 7 7 ( 4216 1nek_B) ( 1007 1e2t_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 1008 1e2w_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 1034 1e4f_T) 0.4439 0.2973 12.5038 ( 1 5 6) 0 0.4439 0.2973 7 13 ( 4216 1nek_B) ( 1043 1e5k_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 1082 1ea5_A) 0.5705 0.1176 8.0526 ( 0 3 6) 0 0.5705 0.1466 7 34 ( 4216 1nek_B) ( 1084 1eaf ) nil ( 4216 1nek_B) ( 1121 1eej_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 1124 1eem_A) 0.5711 0.4998 6.1876 ( 0 3 6) 0 0.5711 0.4998 7 8 ( 4216 1nek_B) ( 1165 1ehy_A) 0.2943 0.1994 13.1459 ( 1 3 6) 0 0.2943 0.1994 7 19 ( 4216 1nek_B) ( 1167 1ei1_A) 0.1992 0.1970 10.7207 ( 3 6 6) 0 0.1992 0.1970 7 10 ( 4216 1nek_B) ( 1169 1ei5_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 1195 1ekm_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 1201 1el5_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 1204 1elj_A) 0.5698 0.1538 9.1854 ( 0 3 6) 0 0.5698 0.1538 7 26 ( 4216 1nek_B) ( 1210 1elw_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 1211 1em2_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 1217 1enf_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 1224 1eo9_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 1233 1ep3_B) nil ( 4216 1nek_B) ( 1267 1euh_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 1268 1eup_A) 0.5702 0.1667 8.4628 ( 0 4 6) 0 0.5702 0.2076 7 24 ( 4216 1nek_B) ( 1294 1ex0_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 1301 1exj_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 1324 1ezg_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 1345 1f0i_A) 0.5692 0.2353 9.9331 ( 0 1 6) 0 0.5692 0.2353 7 17 ( 4216 1nek_B) ( 1366 1f1u_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 1388 1f3v_A) 0.2945 0.2727 9.1103 ( 1 3 6) 0 0.2945 0.2727 7 11 ( 4216 1nek_B) ( 1395 1f45_B) nil ( 4216 1nek_B) ( 1410 1f60_A) nil ( 4216 1nek_B) ( 1415 1f68_A) 0.5713 0.6664 4.5786 ( 0 1 6) 0 0.5713 0.6664 7 6 ( 4216 1nek_B) ( 1425 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