------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Top-ranked similarities (based on backbone shifts), as measured by a combination of score and contiguity. Some relevant parameters: HELIX min length: 5 STRAND min length: 3 shift-tolerance = -10 permissible-violations = 4 max-breaks = NIL retain-m = 100 best-n = 100 anglethresh = 0.5 septhresh = 5 min_length = 4 rmsd-tol = 9.9999999999999E12 Legend: ( ix1 chain1 ) ( ix2 chain2 ) rho___12 rho___21 L2_ERROR (Xbad Xsig Xtot) BRK maxrho12 maxrho21 SS1 SS2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ( 4992 1pf5_A) ( 25 1a28_A) nil ( 4992 1pf5_A) ( 41 1a4i_A) 0.5000 0.5713 4.4866 ( 0 1 6) 0 0.6248 0.7138 8 7 ( 4992 1pf5_A) ( 51 1a6c_A) 0.4998 0.3636 6.6772 ( 0 1 6) 0 0.7467 0.5448 8 11 ( 4992 1pf5_A) ( 62 1a79_A) 0.4999 0.5713 4.8510 ( 0 2 6) 0 0.6249 0.7141 8 7 ( 4992 1pf5_A) ( 64 1a7s ) 0.4999 0.3077 5.8816 ( 0 3 6) 0 0.4999 0.3077 8 13 ( 4992 1pf5_A) ( 77 1a8r_A) 0.4990 0.3076 9.4825 ( 0 3 6) 0 0.4990 0.3076 8 13 ( 4992 1pf5_A) ( 91 1aa6 ) 0.4999 0.1143 5.0180 ( 0 3 6) 0 0.6247 0.1867 8 35 ( 4992 1pf5_A) ( 96 1aba ) 0.7493 0.8558 5.3012 ( 0 2 15) 1 0.7493 0.8558 8 7 ( 4992 1pf5_A) ( 129 1ahs_A) 0.6246 0.5554 5.6013 ( 0 3 10) 0 0.6247 0.5554 8 9 ( 4992 1pf5_A) ( 136 1aiu ) 0.1497 0.1497 7.8965 ( 2 3 6) 1 0.1497 0.1497 8 8 ( 4992 1pf5_A) ( 147 1all_A) nil ( 4992 1pf5_A) ( 150 1aln ) 0.6249 0.6249 4.1468 ( 0 5 10) 0 0.7498 0.7498 8 8 ( 4992 1pf5_A) ( 153 1aly ) 0.4999 0.4444 5.5042 ( 0 1 6) 0 0.6248 0.5554 8 9 ( 4992 1pf5_A) ( 155 1am7_A) nil ( 4992 1pf5_A) ( 157 1amf ) 0.6233 0.2500 8.2799 ( 0 5 10) 0 0.6233 0.2523 8 20 ( 4992 1pf5_A) ( 161 1an8 ) 0.4999 0.4444 5.8389 ( 0 2 6) 0 0.4999 0.4444 8 9 ( 4992 1pf5_A) ( 162 1an8 ) 0.5000 0.5000 4.3832 ( 0 2 6) 0 0.5000 0.5000 8 8 ( 4992 1pf5_A) ( 169 1aoh_A) 0.4997 0.3636 6.9933 ( 0 1 6) 0 0.7494 0.5453 8 11 ( 4992 1pf5_A) ( 177 1aoz_A) 0.4995 0.4442 8.1332 ( 0 3 6) 0 0.4995 0.4442 8 9 ( 4992 1pf5_A) ( 191 1aqz_A) 0.4997 0.4997 7.1425 ( 0 2 6) 0 0.6246 0.6246 8 8 ( 4992 1pf5_A) ( 198 1at0 ) 0.4985 0.2666 10.6755 ( 0 1 6) 0 0.4997 0.2667 8 15 ( 4992 1pf5_A) ( 207 1aua ) 0.6249 0.3846 4.2304 ( 0 3 10) 0 0.8736 0.5383 8 13 ( 4992 1pf5_A) ( 233 1axi_B) nil ( 4992 1pf5_A) ( 259 1b0b ) nil ( 4992 1pf5_A) ( 293 1b5l ) nil ( 4992 1pf5_A) ( 300 1b6a ) 0.4998 0.2500 6.7083 ( 0 1 6) 0 0.7429 0.3748 8 16 ( 4992 1pf5_A) ( 305 1b6r_A) 0.4994 0.2500 8.3716 ( 0 4 6) 0 0.4994 0.2500 8 16 ( 4992 1pf5_A) ( 307 1b74_A) 0.6249 0.6249 4.2365 ( 0 5 10) 0 0.7474 0.7474 8 8 ( 4992 1pf5_A) ( 315 1b8a_A) nil ( 4992 1pf5_A) ( 317 1b8d_A) nil ( 4992 1pf5_A) ( 329 1b9o_A) nil ( 4992 1pf5_A) ( 340 1bb9 ) nil ( 4992 1pf5_A) ( 350 1bd7_A) 0.4998 0.2353 5.9936 ( 0 3 6) 0 0.4998 0.2353 8 17 ( 4992 1pf5_A) ( 351 1bd8 ) nil ( 4992 1pf5_A) ( 360 1beb_A) 0.4997 0.3636 7.0381 ( 0 2 6) 0 0.7494 0.5453 8 11 ( 4992 1pf5_A) ( 361 1bed ) nil ( 4992 1pf5_A) ( 365 1bf2 ) 0.1987 0.1993 7.1155 ( 1 2 6) 0 0.1995 0.1997 8 7 ( 4992 1pf5_A) ( 367 1bf2 ) 0.6249 0.5000 4.1814 ( 0 3 10) 0 0.7485 0.5995 8 10 ( 4992 1pf5_A) ( 372 1bfg ) 0.1497 0.1493 8.7968 ( 2 3 6) 0 0.1497 0.1493 8 10 ( 4992 1pf5_A) ( 387 1bhg_A) 0.4993 0.4441 8.6161 ( 0 3 6) 0 0.4993 0.4441 8 9 ( 4992 1pf5_A) ( 405 1bih_A) 0.4973 0.4430 12.2522 ( 0 0 6) 0 0.6245 0.5553 8 9 ( 4992 1pf5_A) ( 417 1bkf ) 0.1987 0.1992 9.0435 ( 1 2 6) 0 0.4997 0.5708 8 7 ( 4992 1pf5_A) ( 420 1bkz_A) 0.6243 0.4998 6.6030 ( 0 2 10) 0 0.7494 0.5998 8 10 ( 4992 1pf5_A) ( 433 1bo4_A) 0.6238 0.4996 7.6378 ( 0 5 10) 0 0.6238 0.4996 8 10 ( 4992 1pf5_A) ( 442 1bou_B) 0.6246 0.2500 5.7296 ( 0 5 10) 0 0.7478 0.3900 8 20 ( 4992 1pf5_A) ( 460 1btn ) 0.4993 0.4993 8.7718 ( 0 3 6) 0 0.4999 0.4999 8 8 ( 4992 1pf5_A) ( 472 1bup_A) 0.4997 0.3333 7.0231 ( 0 4 6) 0 0.4997 0.3773 8 12 ( 4992 1pf5_A) ( 491 1byf_A) nil ( 4992 1pf5_A) ( 495 1byr_A) 0.4998 0.3333 6.1088 ( 0 1 6) 0 0.9943 0.6659 8 12 ( 4992 1pf5_A) ( 541 1c8b_A) 0.6244 0.2778 6.4433 ( 0 4 10) 0 0.9950 0.4444 8 18 ( 4992 1pf5_A) ( 543 1c8n_A) 0.4988 0.2856 9.9419 ( 0 0 6) 0 0.4988 0.2856 8 14 ( 4992 1pf5_A) ( 553 1cb8_A) nil ( 4992 1pf5_A) ( 561 1cc8_A) 0.4999 0.6664 4.9322 ( 0 0 6) 0 0.4999 0.6664 8 6 ( 4992 1pf5_A) ( 584 1cg2_A) 0.4961 0.2105 13.5484 ( 0 1 6) 0 0.4994 0.2909 8 19 ( 4992 1pf5_A) ( 587 1cgh_A) 0.4996 0.2666 7.5946 ( 0 1 6) 0 0.4997 0.2667 8 15 ( 4992 1pf5_A) ( 609 1cjc_A) 0.4999 0.2857 5.1976 ( 0 1 6) 0 0.6247 0.4044 8 14 ( 4992 1pf5_A) ( 619 1ckm_A) 0.4998 0.2222 6.0761 ( 0 3 6) 0 0.6243 0.2869 8 18 ( 4992 1pf5_A) ( 624 1cl1_A) 0.6249 0.1852 3.9687 ( 0 5 10) 0 0.9380 0.2961 8 27 ( 4992 1pf5_A) ( 635 1cmx_A) 0.6215 0.3843 9.9196 ( 0 3 10) 0 0.6243 0.3845 8 13 ( 4992 1pf5_A) ( 672 1cs8_A) 0.4983 0.2000 10.8710 ( 0 1 6) 0 0.4983 0.2000 8 20 ( 4992 1pf5_A) ( 678 1ct9_A) 0.5000 0.1818 4.1068 ( 0 1 6) 0 0.6241 0.2699 8 22 ( 4992 1pf5_A) ( 683 1cuk ) 0.4999 0.6662 5.6621 ( 0 3 6) 0 0.4999 0.6662 8 6 ( 4992 1pf5_A) ( 719 1d0n_A) 0.4999 0.5712 5.6573 ( 0 2 6) 0 0.7490 0.8551 8 7 ( 4992 1pf5_A) ( 729 1d2f_A) 0.6248 0.2381 4.6335 ( 0 4 10) 0 0.7495 0.3762 8 21 ( 4992 1pf5_A) ( 735 1d2p_A) 0.4999 0.4999 5.8598 ( 0 2 6) 0 0.4999 0.4999 8 8 ( 4992 1pf5_A) ( 740 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