------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Top-ranked similarities (based on backbone shifts), as measured by a combination of score and contiguity. Some relevant parameters: HELIX min length: 5 STRAND min length: 3 shift-tolerance = -10 permissible-violations = 4 max-breaks = NIL retain-m = 100 best-n = 100 anglethresh = 0.5 septhresh = 5 min_length = 4 rmsd-tol = 9.9999999999999E12 Legend: ( ix1 chain1 ) ( ix2 chain2 ) rho___12 rho___21 L2_ERROR (Xbad Xsig Xtot) BRK maxrho12 maxrho21 SS1 SS2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ( 5029 1pjq_A) ( 25 1a28_A) 0.3670 0.2785 7.5378 ( 1 5 6) 0 0.3998 0.2857 10 14 ( 5029 1pjq_A) ( 41 1a4i_A) 0.6000 0.8569 3.2852 ( 0 2 15) 0 0.6000 0.8569 10 7 ( 5029 1pjq_A) ( 51 1a6c_A) 0.3997 0.3635 9.2756 ( 0 2 6) 0 0.4991 0.4540 10 11 ( 5029 1pjq_A) ( 62 1a79_A) 0.3999 0.5711 6.2321 ( 0 2 6) 0 0.4531 0.5711 10 7 ( 5029 1pjq_A) ( 64 1a7s ) 0.2413 0.2284 9.2682 ( 2 5 6) 0 0.2413 0.2284 10 13 ( 5029 1pjq_A) ( 77 1a8r_A) 0.3983 0.3072 14.4975 ( 0 2 6) 0 0.3983 0.3072 10 13 ( 5029 1pjq_A) ( 91 1aa6 ) 0.6474 0.2560 3.4880 ( 2 14 36) 0 0.8646 0.2571 10 35 ( 5029 1pjq_A) ( 96 1aba ) 0.4993 0.7101 8.7712 ( 0 3 10) 0 0.4993 0.7101 10 7 ( 5029 1pjq_A) ( 129 1ahs_A) 0.3999 0.4443 6.7438 ( 0 2 6) 0 0.3999 0.4443 10 9 ( 5029 1pjq_A) ( 136 1aiu ) 0.4997 0.6241 7.0332 ( 0 5 10) 0 0.6000 0.7499 10 8 ( 5029 1pjq_A) ( 147 1all_A) nil ( 5029 1pjq_A) ( 150 1aln ) 0.5999 0.7496 4.7112 ( 0 6 15) 0 0.6234 0.7496 10 8 ( 5029 1pjq_A) ( 153 1aly ) 0.3999 0.4443 7.1132 ( 0 2 6) 0 0.4999 0.5553 10 9 ( 5029 1pjq_A) ( 155 1am7_A) nil ( 5029 1pjq_A) ( 157 1amf ) 0.4999 0.2500 5.0301 ( 0 5 10) 0 0.5385 0.4061 10 20 ( 5029 1pjq_A) ( 161 1an8 ) 0.3998 0.4441 8.6614 ( 0 1 6) 0 0.4204 0.4443 10 9 ( 5029 1pjq_A) ( 162 1an8 ) nil ( 5029 1pjq_A) ( 169 1aoh_A) 0.3999 0.3636 6.8471 ( 0 0 6) 0 0.3999 0.3636 10 11 ( 5029 1pjq_A) ( 177 1aoz_A) 0.3999 0.4443 7.3209 ( 0 3 6) 0 0.4998 0.5552 10 9 ( 5029 1pjq_A) ( 191 1aqz_A) nil ( 5029 1pjq_A) ( 198 1at0 ) nil ( 5029 1pjq_A) ( 207 1aua ) 0.4000 0.3077 3.9369 ( 0 0 6) 0 0.6993 0.5383 10 13 ( 5029 1pjq_A) ( 233 1axi_B) 0.3999 0.6657 6.6786 ( 0 2 6) 0 0.3999 0.6657 10 6 ( 5029 1pjq_A) ( 259 1b0b ) nil ( 5029 1pjq_A) ( 293 1b5l ) nil ( 5029 1pjq_A) ( 300 1b6a ) 0.3999 0.2500 6.4011 ( 0 1 6) 0 0.5379 0.4109 10 16 ( 5029 1pjq_A) ( 305 1b6r_A) 0.4000 0.2500 5.0542 ( 0 1 6) 0 0.5044 0.3619 10 16 ( 5029 1pjq_A) ( 307 1b74_A) 0.6237 0.7006 3.6375 ( 1 8 21) 0 0.6237 0.7499 10 8 ( 5029 1pjq_A) ( 315 1b8a_A) 0.3999 0.4443 7.3331 ( 0 3 6) 0 0.5385 0.5735 10 9 ( 5029 1pjq_A) ( 317 1b8d_A) nil ( 5029 1pjq_A) ( 329 1b9o_A) nil ( 5029 1pjq_A) ( 340 1bb9 ) nil ( 5029 1pjq_A) ( 350 1bd7_A) 0.3999 0.2353 6.4036 ( 0 3 6) 0 0.4997 0.3135 10 17 ( 5029 1pjq_A) ( 351 1bd8 ) 0.3995 0.4435 10.8183 ( 0 0 6) 0 0.3995 0.4435 10 9 ( 5029 1pjq_A) ( 360 1beb_A) 0.4000 0.3636 3.3448 ( 0 3 6) 0 0.4000 0.3636 10 11 ( 5029 1pjq_A) ( 361 1bed ) 0.4000 0.3333 5.0285 ( 0 1 6) 0 0.4000 0.3333 10 12 ( 5029 1pjq_A) ( 365 1bf2 ) 0.4000 0.5712 5.8368 ( 0 2 6) 0 0.4000 0.5712 10 7 ( 5029 1pjq_A) ( 367 1bf2 ) 0.3999 0.3999 7.1775 ( 0 1 6) 0 0.3999 0.3999 10 10 ( 5029 1pjq_A) ( 372 1bfg ) nil ( 5029 1pjq_A) ( 387 1bhg_A) 0.3997 0.4439 9.5296 ( 0 3 6) 0 0.3997 0.4439 10 9 ( 5029 1pjq_A) ( 405 1bih_A) 0.3994 0.4434 11.2174 ( 0 0 6) 0 0.3994 0.4434 10 9 ( 5029 1pjq_A) ( 417 1bkf ) nil ( 5029 1pjq_A) ( 420 1bkz_A) 0.4000 0.4000 5.6305 ( 0 1 6) 0 0.4000 0.4000 10 10 ( 5029 1pjq_A) ( 433 1bo4_A) 0.3999 0.3999 7.0629 ( 0 2 6) 0 0.3999 0.3999 10 10 ( 5029 1pjq_A) ( 442 1bou_B) 0.3999 0.2000 6.7522 ( 0 3 6) 0 0.4529 0.2910 10 20 ( 5029 1pjq_A) ( 460 1btn ) 0.4000 0.5000 3.6310 ( 0 1 6) 0 0.4000 0.5000 10 8 ( 5029 1pjq_A) ( 472 1bup_A) 0.3987 0.3328 13.4424 ( 0 2 6) 0 0.5997 0.4999 10 12 ( 5029 1pjq_A) ( 491 1byf_A) 0.3998 0.5704 8.0792 ( 0 2 6) 0 0.3998 0.5704 10 7 ( 5029 1pjq_A) ( 495 1byr_A) 0.5000 0.4167 3.4880 ( 0 3 10) 0 0.5000 0.4167 10 12 ( 5029 1pjq_A) ( 541 1c8b_A) 0.5999 0.3333 4.4270 ( 0 4 15) 0 0.6989 0.4161 10 18 ( 5029 1pjq_A) ( 543 1c8n_A) 0.3997 0.2857 9.1782 ( 0 1 6) 0 0.3997 0.3473 10 14 ( 5029 1pjq_A) ( 553 1cb8_A) 0.3989 0.2665 13.0697 ( 0 1 6) 0 0.3989 0.2665 10 15 ( 5029 1pjq_A) ( 561 1cc8_A) 0.3999 0.6648 7.7969 ( 0 0 6) 0 0.3999 0.6648 10 6 ( 5029 1pjq_A) ( 584 1cg2_A) 0.4998 0.2632 6.0266 ( 0 2 10) 0 0.6725 0.4360 10 19 ( 5029 1pjq_A) ( 587 1cgh_A) 0.3998 0.2666 8.0668 ( 0 3 6) 0 0.3998 0.2666 10 15 ( 5029 1pjq_A) ( 609 1cjc_A) 0.5000 0.3571 3.7288 ( 0 6 10) 0 0.5000 0.3571 10 14 ( 5029 1pjq_A) ( 619 1ckm_A) 0.3999 0.2222 6.0580 ( 0 4 6) 0 0.5068 0.3677 10 18 ( 5029 1pjq_A) ( 624 1cl1_A) 0.6999 0.2593 3.6033 ( 0 7 21) 0 0.8533 0.3330 10 27 ( 5029 1pjq_A) ( 635 1cmx_A) 0.3999 0.3077 6.7461 ( 0 3 6) 0 0.3999 0.3077 10 13 ( 5029 1pjq_A) ( 672 1cs8_A) 0.3670 0.1987 7.2966 ( 1 5 6) 0 0.3899 0.3118 10 20 ( 5029 1pjq_A) ( 678 1ct9_A) 0.7731 0.3631 4.7319 ( 1 13 28) 0 0.7980 0.3798 10 22 ( 5029 1pjq_A) ( 683 1cuk ) 0.2800 0.2969 8.9394 ( 1 3 6) 0 0.2801 0.2970 10 6 ( 5029 1pjq_A) ( 719 1d0n_A) 0.3998 0.5704 8.1983 ( 0 2 6) 0 0.3998 0.5704 10 7 ( 5029 1pjq_A) ( 729 1d2f_A) 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