------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Top-ranked similarities (based on backbone shifts), as measured by a combination of score and contiguity. Some relevant parameters: HELIX min length: 5 STRAND min length: 3 shift-tolerance = -10 permissible-violations = 4 max-breaks = NIL retain-m = 100 best-n = 100 anglethresh = 0.5 septhresh = 5 min_length = 4 rmsd-tol = 9.9999999999999E12 Legend: ( ix1 chain1 ) ( ix2 chain2 ) rho___12 rho___21 L2_ERROR (Xbad Xsig Xtot) BRK maxrho12 maxrho21 SS1 SS2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ( 5285 1qc7_A) ( 25 1a28_A) nil ( 5285 1qc7_A) ( 41 1a4i_A) nil ( 5285 1qc7_A) ( 51 1a6c_A) nil ( 5285 1qc7_A) ( 62 1a79_A) nil ( 5285 1qc7_A) ( 64 1a7s ) nil ( 5285 1qc7_A) ( 77 1a8r_A) nil ( 5285 1qc7_A) ( 91 1aa6 ) 0.6660 0.1143 6.1153 ( 0 4 6) 0 0.6660 0.1382 6 35 ( 5285 1qc7_A) ( 96 1aba ) nil ( 5285 1qc7_A) ( 129 1ahs_A) nil ( 5285 1qc7_A) ( 136 1aiu ) nil ( 5285 1qc7_A) ( 147 1all_A) 0.3878 0.3669 9.0726 ( 1 4 6) 0 0.3878 0.3669 6 8 ( 5285 1qc7_A) ( 150 1aln ) nil ( 5285 1qc7_A) ( 153 1aly ) nil ( 5285 1qc7_A) ( 155 1am7_A) 0.2488 0.2462 8.0590 ( 2 5 6) 0 0.2488 0.2462 6 8 ( 5285 1qc7_A) ( 157 1amf ) 0.6656 0.2000 6.7655 ( 0 4 6) 0 0.6656 0.2000 6 20 ( 5285 1qc7_A) ( 161 1an8 ) nil ( 5285 1qc7_A) ( 162 1an8 ) nil ( 5285 1qc7_A) ( 169 1aoh_A) nil ( 5285 1qc7_A) ( 177 1aoz_A) nil ( 5285 1qc7_A) ( 191 1aqz_A) nil ( 5285 1qc7_A) ( 198 1at0 ) nil ( 5285 1qc7_A) ( 207 1aua ) nil ( 5285 1qc7_A) ( 233 1axi_B) nil ( 5285 1qc7_A) ( 259 1b0b ) 0.3879 0.3789 8.0039 ( 1 4 6) 0 0.3879 0.3789 6 7 ( 5285 1qc7_A) ( 293 1b5l ) 0.6586 0.6586 11.3547 ( 0 3 6) 0 0.6586 0.6586 6 6 ( 5285 1qc7_A) ( 300 1b6a ) nil ( 5285 1qc7_A) ( 305 1b6r_A) 0.1665 0.1593 8.7365 ( 3 5 6) 0 0.1665 0.1593 6 16 ( 5285 1qc7_A) ( 307 1b74_A) nil ( 5285 1qc7_A) ( 315 1b8a_A) nil ( 5285 1qc7_A) ( 317 1b8d_A) 0.3878 0.3525 9.2284 ( 1 4 6) 0 0.3878 0.3525 6 9 ( 5285 1qc7_A) ( 329 1b9o_A) nil ( 5285 1qc7_A) ( 340 1bb9 ) nil ( 5285 1qc7_A) ( 350 1bd7_A) nil ( 5285 1qc7_A) ( 351 1bd8 ) 0.0999 0.0999 6.1581 ( 1 1 6) 0 0.0999 0.0999 6 9 ( 5285 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nil ( 5285 1qc7_A) ( 672 1cs8_A) 0.2969 0.1912 9.4490 ( 1 3 6) 0 0.2969 0.1912 6 20 ( 5285 1qc7_A) ( 678 1ct9_A) nil ( 5285 1qc7_A) ( 683 1cuk ) nil ( 5285 1qc7_A) ( 719 1d0n_A) nil ( 5285 1qc7_A) ( 729 1d2f_A) nil ( 5285 1qc7_A) ( 735 1d2p_A) nil ( 5285 1qc7_A) ( 740 1d3b_A) nil ( 5285 1qc7_A) ( 765 1d7p_M) nil ( 5285 1qc7_A) ( 767 1d7y_A) nil ( 5285 1qc7_A) ( 782 1dbh_A) 0.4649 0.2784 12.3053 ( 1 5 6) 0 0.4649 0.2784 6 14 ( 5285 1qc7_A) ( 792 1dce_B) 0.4667 0.2786 5.0588 ( 1 5 6) 0 0.4667 0.2786 6 14 ( 5285 1qc7_A) ( 795 1dcj_A) nil ( 5285 1qc7_A) ( 796 1dcp_A) nil ( 5285 1qc7_A) ( 801 1dcz_A) nil ( 5285 1qc7_A) ( 812 1de4_C) nil ( 5285 1qc7_A) ( 818 1df7_A) 0.2487 0.2283 11.0238 ( 2 5 6) 0 0.2487 0.2283 6 13 ( 5285 1qc7_A) ( 819 1df9_A) nil ( 5285 1qc7_A) ( 824 1dfc_A) nil ( 5285 1qc7_A) ( 834 1dgs_A) 0.6633 0.3076 9.0863 ( 0 5 6) 0 0.6633 0.3076 6 13 ( 5285 1qc7_A) ( 861 1dki_A) nil ( 5285 1qc7_A) ( 901 1doz_A) nil ( 5285 1qc7_A) ( 904 1dp7_P) nil ( 5285 1qc7_A) ( 913 1dq3_A) nil ( 5285 1qc7_A) ( 928 1drk ) nil ( 5285 1qc7_A) ( 937 1dtj_A) nil ( 5285 1qc7_A) ( 943 1dus_A) nil ( 5285 1qc7_A) ( 945 1duv_G) 0.6624 0.3076 9.6609 ( 0 5 6) 0 0.6624 0.3076 6 13 ( 5285 1qc7_A) ( 949 1dv1_A) 0.2969 0.2945 10.3671 ( 1 3 6) 1 0.2969 0.2945 6 7 ( 5285 1qc7_A) ( 960 1dx4_A) 0.2487 0.1196 10.6939 ( 2 5 6) 0 0.2487 0.1196 6 33 ( 5285 1qc7_A) ( 978 1dys_A) nil ( 5285 1qc7_A) ( 980 1dz3_A) nil ( 5285 1qc7_A) ( 1005 1e29_A) 0.1996 0.1992 11.2002 ( 3 6 6) 1 0.1996 0.1992 6 7 ( 5285 1qc7_A) ( 1007 1e2t_A) nil ( 5285 1qc7_A) ( 1008 1e2w_A) nil ( 5285 1qc7_A) ( 1034 1e4f_T) nil ( 5285 1qc7_A) ( 1043 1e5k_A) nil ( 5285 1qc7_A) ( 1082 1ea5_A) nil ( 5285 1qc7_A) ( 1084 1eaf ) nil ( 5285 1qc7_A) ( 1121 1eej_A) nil ( 5285 1qc7_A) ( 1124 1eem_A) 0.5280 0.4527 8.7154 ( 1 6 6) 0 0.5280 0.4527 6 8 ( 5285 1qc7_A) ( 1165 1ehy_A) 0.3879 0.2067 7.0590 ( 1 4 6) 0 0.3879 0.2067 6 19 ( 5285 1qc7_A) ( 1167 1ei1_A) 0.1996 0.1970 6.4984 ( 2 4 6) 0 0.6652 0.3999 6 10 ( 5285 1qc7_A) ( 1169 1ei5_A) nil ( 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