------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Top-ranked similarities (based on backbone shifts), as measured by a combination of score and contiguity. Some relevant parameters: HELIX min length: 5 STRAND min length: 3 shift-tolerance = -10 permissible-violations = 4 max-breaks = NIL retain-m = 100 best-n = 100 anglethresh = 0.5 septhresh = 5 min_length = 4 rmsd-tol = 9.9999999999999E12 Legend: ( ix1 chain1 ) ( ix2 chain2 ) rho___12 rho___21 L2_ERROR (Xbad Xsig Xtot) BRK maxrho12 maxrho21 SS1 SS2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ( 6167 1v3w_A) ( 25 1a28_A) nil ( 6167 1v3w_A) ( 41 1a4i_A) nil ( 6167 1v3w_A) ( 51 1a6c_A) 0.3333 0.3636 7.4675 ( 0 1 6) 0 0.3333 0.3636 12 11 ( 6167 1v3w_A) ( 62 1a79_A) 0.3333 0.5711 6.1993 ( 0 5 6) 0 0.3333 0.5711 12 7 ( 6167 1v3w_A) ( 64 1a7s ) 0.3333 0.3077 4.3485 ( 0 5 6) 0 0.3429 0.3295 12 13 ( 6167 1v3w_A) ( 77 1a8r_A) nil ( 6167 1v3w_A) ( 91 1aa6 ) 0.3333 0.1143 8.2805 ( 0 3 6) 0 0.4166 0.1648 12 35 ( 6167 1v3w_A) ( 96 1aba ) nil ( 6167 1v3w_A) ( 129 1ahs_A) 0.3333 0.4443 6.9134 ( 0 3 6) 0 0.3776 0.4443 12 9 ( 6167 1v3w_A) ( 136 1aiu ) nil ( 6167 1v3w_A) ( 147 1all_A) nil ( 6167 1v3w_A) ( 150 1aln ) nil ( 6167 1v3w_A) ( 153 1aly ) 0.3333 0.4443 6.4051 ( 0 4 6) 0 0.4163 0.5540 12 9 ( 6167 1v3w_A) ( 155 1am7_A) nil ( 6167 1v3w_A) ( 157 1amf ) 0.3330 0.2000 12.3029 ( 0 3 6) 0 0.3330 0.2000 12 20 ( 6167 1v3w_A) ( 161 1an8 ) 0.3333 0.4444 5.7632 ( 0 5 6) 0 0.3430 0.4444 12 9 ( 6167 1v3w_A) ( 162 1an8 ) 0.3333 0.4998 6.2660 ( 0 4 6) 0 0.3804 0.4998 12 8 ( 6167 1v3w_A) ( 169 1aoh_A) 0.3333 0.3636 7.3462 ( 0 3 6) 0 0.3333 0.3636 12 11 ( 6167 1v3w_A) ( 177 1aoz_A) 0.3333 0.4442 7.6732 ( 0 1 6) 0 0.3333 0.4442 12 9 ( 6167 1v3w_A) ( 191 1aqz_A) 0.3333 0.4996 7.7678 ( 0 4 6) 0 0.3333 0.4996 12 8 ( 6167 1v3w_A) ( 198 1at0 ) 0.3333 0.2667 5.6606 ( 0 4 6) 0 0.4941 0.3980 12 15 ( 6167 1v3w_A) ( 207 1aua ) nil ( 6167 1v3w_A) ( 233 1axi_B) 0.3333 0.6661 5.7560 ( 0 2 6) 0 0.3333 0.6661 12 6 ( 6167 1v3w_A) ( 259 1b0b ) nil ( 6167 1v3w_A) ( 293 1b5l ) nil ( 6167 1v3w_A) ( 300 1b6a ) 0.2643 0.2265 12.3011 ( 1 3 6) 0 0.3333 0.2500 12 16 ( 6167 1v3w_A) ( 305 1b6r_A) 0.3333 0.2500 7.2974 ( 0 4 6) 0 0.3333 0.2652 12 16 ( 6167 1v3w_A) ( 307 1b74_A) 0.3333 0.4998 6.0493 ( 0 3 6) 0 0.4166 0.6241 12 8 ( 6167 1v3w_A) ( 315 1b8a_A) 0.3333 0.4443 6.8559 ( 0 4 6) 0 0.4092 0.5268 12 9 ( 6167 1v3w_A) ( 317 1b8d_A) nil ( 6167 1v3w_A) ( 329 1b9o_A) nil ( 6167 1v3w_A) ( 340 1bb9 ) 0.2334 0.2488 5.5698 ( 2 5 6) 0 0.2334 0.2488 12 6 ( 6167 1v3w_A) ( 350 1bd7_A) 0.3333 0.2353 6.7053 ( 0 4 6) 0 0.3669 0.3134 12 17 ( 6167 1v3w_A) ( 351 1bd8 ) nil ( 6167 1v3w_A) ( 360 1beb_A) 0.4162 0.4538 9.9819 ( 0 7 10) 0 0.4162 0.4538 12 11 ( 6167 1v3w_A) ( 361 1bed ) 0.3021 0.3021 7.8154 ( 1 4 6) 0 0.3021 0.3021 12 12 ( 6167 1v3w_A) ( 365 1bf2 ) 0.3333 0.5704 8.0679 ( 0 2 6) 0 0.3333 0.5704 12 7 ( 6167 1v3w_A) ( 367 1bf2 ) 0.3333 0.3999 6.3965 ( 0 3 6) 0 0.4166 0.4998 12 10 ( 6167 1v3w_A) ( 372 1bfg ) 0.3333 0.4000 5.1294 ( 0 4 6) 0 0.3333 0.4000 12 10 ( 6167 1v3w_A) ( 387 1bhg_A) 0.3333 0.4442 7.4339 ( 0 3 6) 0 0.3333 0.4442 12 9 ( 6167 1v3w_A) ( 405 1bih_A) 0.3333 0.4442 7.7177 ( 0 2 6) 0 0.4149 0.5485 12 9 ( 6167 1v3w_A) ( 417 1bkf ) 0.3332 0.5695 9.5164 ( 0 2 6) 0 0.3332 0.5695 12 7 ( 6167 1v3w_A) ( 420 1bkz_A) 0.3333 0.4000 5.2561 ( 0 1 6) 0 0.3430 0.4000 12 10 ( 6167 1v3w_A) ( 433 1bo4_A) 0.3953 0.4529 7.8941 ( 1 6 10) 0 0.3953 0.4529 12 10 ( 6167 1v3w_A) ( 442 1bou_B) 0.3332 0.2000 9.7980 ( 0 3 6) 0 0.4531 0.3237 12 20 ( 6167 1v3w_A) ( 460 1btn ) 0.3333 0.4996 7.5726 ( 0 5 6) 0 0.3333 0.4996 12 8 ( 6167 1v3w_A) ( 472 1bup_A) nil ( 6167 1v3w_A) ( 491 1byf_A) nil ( 6167 1v3w_A) ( 495 1byr_A) 0.3333 0.3333 6.4724 ( 0 3 6) 0 0.3395 0.3395 12 12 ( 6167 1v3w_A) ( 541 1c8b_A) 0.3333 0.2222 7.5580 ( 0 4 6) 0 0.3333 0.2222 12 18 ( 6167 1v3w_A) ( 543 1c8n_A) 0.3332 0.2857 9.2874 ( 0 0 6) 0 0.3332 0.2857 12 14 ( 6167 1v3w_A) ( 553 1cb8_A) nil ( 6167 1v3w_A) ( 561 1cc8_A) 0.3332 0.6637 8.7881 ( 0 1 6) 0 0.3332 0.6637 12 6 ( 6167 1v3w_A) ( 584 1cg2_A) 0.3333 0.2105 8.4329 ( 0 4 6) 0 0.3333 0.2105 12 19 ( 6167 1v3w_A) ( 587 1cgh_A) 0.3333 0.2667 6.5706 ( 0 5 6) 0 0.3333 0.2929 12 15 ( 6167 1v3w_A) ( 609 1cjc_A) nil ( 6167 1v3w_A) ( 619 1ckm_A) 0.3333 0.2222 7.4191 ( 0 3 6) 0 0.3428 0.2636 12 18 ( 6167 1v3w_A) ( 624 1cl1_A) 0.4163 0.1852 9.0526 ( 0 7 10) 0 0.4163 0.2241 12 27 ( 6167 1v3w_A) ( 635 1cmx_A) 0.3330 0.3075 12.1545 ( 0 4 6) 0 0.3330 0.3075 12 13 ( 6167 1v3w_A) ( 672 1cs8_A) 0.3333 0.2000 6.2804 ( 0 4 6) 0 0.3333 0.2266 12 20 ( 6167 1v3w_A) ( 678 1ct9_A) 0.3333 0.1818 8.2951 ( 0 4 6) 0 0.4972 0.2726 12 22 ( 6167 1v3w_A) ( 683 1cuk ) 0.3333 0.6641 8.4433 ( 0 5 6) 0 0.3333 0.6641 12 6 ( 6167 1v3w_A) ( 719 1d0n_A) 0.3333 0.5713 5.0502 ( 0 2 6) 0 0.3333 0.5713 12 7 ( 6167 1v3w_A) ( 729 1d2f_A) 0.3333 0.1905 5.6411 ( 0 3 6) 0 0.3333 0.2606 12 21 ( 6167 1v3w_A) ( 735 1d2p_A) 0.3333 0.4994 8.4006 ( 0 2 6) 0 0.3333 0.4994 12 8 ( 6167 1v3w_A) ( 740 1d3b_A) 0.3333 0.5000 4.1701 ( 0 2 6) 0 0.3333 0.5000 12 8 ( 6167 1v3w_A) ( 765 1d7p_M) 0.3333 0.3077 4.8932 ( 0 3 6) 0 0.4165 0.3845 12 13 ( 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