------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Top-ranked similarities (based on backbone shifts), as measured by a combination of score and contiguity. Some relevant parameters: HELIX min length: 5 STRAND min length: 3 shift-tolerance = -10 permissible-violations = 4 max-breaks = NIL retain-m = 100 best-n = 100 anglethresh = 0.5 septhresh = 5 min_length = 4 rmsd-tol = 9.9999999999999E12 Legend: ( ix1 chain1 ) ( ix2 chain2 ) rho___12 rho___21 L2_ERROR (Xbad Xsig Xtot) BRK maxrho12 maxrho21 SS1 SS2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ( 5441 1qsa_A) ( 16 1a17 ) 0.2592 0.9914 6.9366 ( 0 5 21) 0 0.2592 0.9914 27 7 ( 5441 1qsa_A) ( 287 1b3u_A) 0.2820 0.1845 5.4177 ( 3 13 28) 0 0.4882 0.3222 27 43 ( 5441 1qsa_A) ( 314 1b89_A) 0.3423 0.3903 6.1763 ( 4 19 45) 0 0.4343 0.5190 27 22 ( 5441 1qsa_A) ( 444 1bpo_A) 0.2949 0.6722 5.7196 ( 1 8 28) 0 0.2949 0.6722 27 10 ( 5441 1qsa_A) ( 789 1dce_A) 0.2593 0.4665 6.2044 ( 0 6 21) 0 0.3258 0.5305 27 15 ( 5441 1qsa_A) ( 954 1dvp_A) 0.2201 0.4778 6.1312 ( 1 5 15) 0 0.2591 0.8177 27 8 ( 5441 1qsa_A) ( 1069 1e7u_A) 0.2963 0.6656 6.7677 ( 0 6 28) 0 0.2963 0.6656 27 12 ( 5441 1qsa_A) ( 1118 1ee4_A) 0.4238 0.4111 5.8906 ( 7 46 66) 0 0.4810 0.4639 27 28 ( 5441 1qsa_A) ( 1205 1elk_A) 0.2222 0.6661 5.7977 ( 0 5 15) 0 0.2590 0.7319 27 9 ( 5441 1qsa_A) ( 1206 1elr_A) 0.2593 0.9981 4.7304 ( 0 4 21) 0 0.2593 0.9981 27 7 ( 5441 1qsa_A) ( 1210 1elw_A) 0.2593 0.9985 4.4467 ( 0 9 21) 0 0.2593 0.9985 27 7 ( 5441 1qsa_A) ( 1315 1eyh_A) 0.2140 0.3459 6.6626 ( 2 7 15) 0 0.2140 0.6247 27 8 ( 5441 1qsa_A) ( 1470 1fch_A) 0.4072 0.6449 8.4669 ( 0 29 55) 0 0.4072 0.6449 27 17 ( 5441 1qsa_A) ( 1983 1gw5_A) 0.3333 0.2812 6.5458 ( 0 12 36) 0 0.4869 0.4229 27 32 ( 5441 1qsa_A) ( 1984 1gw5_B) 0.4811 0.4061 6.6547 ( 2 52 78) 0 0.5178 0.4372 27 32 ( 5441 1qsa_A) ( 2101 1h6k_A) 0.3257 0.5352 9.3628 ( 2 12 36) 0 0.3271 0.6121 27 13 ( 5441 1qsa_A) ( 2102 1h6k_A) 0.2570 0.5384 6.1299 ( 2 12 21) 0 0.2838 0.6979 27 10 ( 5441 1qsa_A) ( 2103 1h6k_A) 0.2592 0.4662 8.7404 ( 0 6 21) 0 0.3661 0.6028 27 15 ( 5441 1qsa_A) ( 2197 1hf8_A) 0.1843 0.4848 6.9444 ( 1 5 10) 0 0.1968 0.6665 27 6 ( 5441 1qsa_A) ( 2213 1hh8_A) 0.3643 0.6466 6.5848 ( 4 29 45) 0 0.3643 0.7494 27 12 ( 5441 1qsa_A) ( 2252 1ho8_A) 0.4186 0.4186 6.5438 ( 6 37 66) 0 0.4186 0.4186 27 27 ( 5441 1qsa_A) ( 2276 1hs6_A) 0.3272 0.5988 7.0157 ( 3 19 36) 0 0.3327 0.8245 27 10 ( 5441 1qsa_A) ( 2292 1hu3_A) 0.2592 0.6983 7.1891 ( 0 7 21) 0 0.2963 0.7936 27 10 ( 5441 1qsa_A) ( 2342 1hz4_A) 0.4441 0.6641 8.4531 ( 0 40 66) 0 0.4441 0.6641 27 18 ( 5441 1qsa_A) ( 2493 1ihg_A) 0.2593 0.9974 5.0970 ( 0 11 21) 0 0.2593 0.9974 27 7 ( 5441 1qsa_A) ( 2698 1j1j_A) 0.2081 0.2969 10.4065 ( 1 3 15) 0 0.2506 0.6589 27 9 ( 5441 1qsa_A) ( 2829 1jdh_A) 0.3736 0.3245 7.8197 ( 9 40 66) 0 0.4073 0.3388 27 34 ( 5441 1qsa_A) ( 3216 1k8k_G) 0.1852 0.7139 4.9417 ( 0 6 10) 0 0.1852 0.7139 27 7 ( 5441 1qsa_A) ( 3353 1klx_A) 0.2580 0.6413 7.1911 ( 1 7 21) 0 0.2580 0.7497 27 8 ( 5441 1qsa_A) ( 3392 1kps_B) 0.2591 0.7451 6.6004 ( 1 12 21) 0 0.2591 0.7451 27 9 ( 5441 1qsa_A) ( 3424 1kt1_A) 0.2592 0.9849 8.0016 ( 0 10 21) 0 0.2592 0.9849 27 7 ( 5441 1qsa_A) ( 3434 1ku1_A) 0.2860 0.4611 7.4148 ( 4 19 28) 0 0.2860 0.4999 27 10 ( 5441 1qsa_A) ( 3540 1l5j_A) 0.2585 0.6233 5.9240 ( 1 8 21) 0 0.2878 0.6988 27 10 ( 5441 1qsa_A) ( 3599 1ld8_A) 0.3258 0.4872 7.0979 ( 3 18 36) 0 0.3333 0.5621 27 16 ( 5441 1qsa_A) ( 3602 1ldj_A) 0.2139 0.2382 11.0975 ( 4 10 21) 0 0.3258 0.4361 27 19 ( 5441 1qsa_A) ( 3711 1lrv ) 0.4072 0.6096 6.0799 ( 1 21 55) 0 0.4072 0.6096 27 18 ( 5441 1qsa_A) ( 3718 1lsh_A) 0.3620 0.5034 5.6959 ( 3 20 45) 0 0.3707 0.5034 27 18 ( 5441 1qsa_A) ( 3882 1m8z_A) 0.4073 0.3927 6.8981 ( 1 28 55) 0 0.4868 0.4762 27 28 ( 5441 1qsa_A) ( 4123 1n4k_A) 0.1852 0.6226 8.9887 ( 0 2 10) 0 0.2592 0.8482 27 8 ( 5441 1qsa_A) ( 4166 1n8v_A) 0.1852 0.8299 6.8727 ( 0 1 10) 0 0.1852 0.8299 27 6 ( 5441 1qsa_A) ( 4456 1nzn_A) 0.2222 0.9960 5.6948 ( 0 4 15) 0 0.2222 0.9960 27 6 ( 5441 1qsa_A) ( 4792 1ouv_A) 0.3703 0.6655 6.2114 ( 1 30 45) 0 0.4046 0.6875 27 15 ( 5441 1qsa_A) ( 4817 1oxj_A) 0.2172 0.3953 6.0197 ( 1 4 15) 0 0.2172 0.7141 27 7 ( 5441 1qsa_A) ( 4841 1oyz_A) 0.4316 0.6101 6.4976 ( 6 45 66) 0 0.4811 0.7609 27 17 ( 5441 1qsa_A) ( 4952 1paq_A) 0.1859 0.2190 7.7390 ( 5 11 15) 0 0.2592 0.6978 27 10 ( 5441 1qsa_A) ( 5190 1q2z_A) 0.2222 0.9924 6.7163 ( 0 4 15) 0 0.2222 0.9924 27 6 ( 5441 1qsa_A) ( 5284 1qbk_B) 0.4020 0.2692 6.7132 ( 8 38 78) 0 0.4812 0.3082 27 47 ( 5441 1qsa_A) ( 5285 1qc7_A) 0.1481 0.6664 4.9425 ( 0 3 6) 0 0.1790 0.6664 27 6 ( 5441 1qsa_A) ( 5326 1qgr_A) 0.4773 0.2651 7.9843 ( 3 34 78) 0 0.5164 0.2943 27 49 ( 5441 1qsa_A) ( 5354 1qjb_A) 0.3333 0.9820 8.3811 ( 0 18 36) 0 0.3333 0.9820 27 9 ( 5441 1qsa_A) ( 5417 1qqe_A) 0.3703 0.6659 6.3083 ( 0 22 45) 0 0.4653 0.7898 27 15 ( 5441 1qsa_A) ( 5441 1qsa_A) 1.0000 1.0000 0.0000 ( 0 287 351) 0 1.0000 1.0000 27 27 ( 5441 1qsa_A) ( 5595 1r8s_E) 0.2592 0.6979 7.6136 ( 0 10 21) 0 0.2592 0.6979 27 10 ( 5441 1qsa_A) ( 6033 1ujk_A) 0.2222 0.7491 5.6891 ( 0 6 15) 0 0.2222 0.7491 27 8 ( 5441 1qsa_A) ( 6077 1upk_A) 0.2853 0.3590 6.4362 ( 3 14 28) 0 0.4441 0.5983 27 20 ( 5441 1qsa_A) ( 6128 1uw4_B) 0.2963 0.7255 6.9074 ( 0 8 28) 0 0.3558 0.7255 27 11 ( 5441 1qsa_A) ( 6176 1v54_E) 0.1852 0.8319 5.5407 ( 0 0 10) 0 0.2222 0.9929 27 6 ( 5441 1qsa_A) ( 6212 1vdu_A) 0.2774 0.3939 6.3424 ( 2 8 28) 0 0.3330 0.8522 27 10 -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------