------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Top-ranked similarities (based on backbone shifts), as measured by a combination of score and contiguity. Some relevant parameters: HELIX min length: 5 STRAND min length: 3 shift-tolerance = -10 permissible-violations = 4 max-breaks = NIL retain-m = 100 best-n = 100 anglethresh = 0.5 septhresh = 5 min_length = 4 rmsd-tol = 9.9999999999999E12 Legend: ( ix1 chain1 ) ( ix2 chain2 ) rho___12 rho___21 L2_ERROR (Xbad Xsig Xtot) BRK maxrho12 maxrho21 SS1 SS2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ( 4916 1p6u_A) ( 6 1a04_A) 0.8997 0.8180 3.4931 ( 0 15 36) 0 0.8997 0.8180 10 11 ( 4916 1p6u_A) ( 26 1a2o_A) 0.8997 0.8997 3.4682 ( 0 17 36) 0 0.8997 0.8997 10 10 ( 4916 1p6u_A) ( 90 1a9x_B) 0.7997 0.4444 3.8158 ( 0 7 28) 0 0.7997 0.4444 10 18 ( 4916 1p6u_A) ( 256 1b00_A) 0.8996 0.8996 3.5670 ( 0 15 36) 0 0.8996 0.8996 10 10 ( 4916 1p6u_A) ( 266 1b1c_A) 0.7994 0.7269 4.6189 ( 0 9 28) 0 0.8984 0.8172 10 11 ( 4916 1p6u_A) ( 428 1bmt_A) 0.8996 0.8179 3.6262 ( 0 16 36) 0 0.8996 0.8179 10 11 ( 4916 1p6u_A) ( 477 1bvy_F) 0.6999 0.7776 3.6313 ( 0 10 21) 0 0.7646 0.8320 10 9 ( 4916 1p6u_A) ( 523 1c4k_A) 0.6996 0.8737 5.0803 ( 0 7 21) 0 0.6996 0.8737 10 8 ( 4916 1p6u_A) ( 562 1ccw_A) 0.8996 0.8996 3.5345 ( 0 14 36) 0 0.8996 0.8996 10 10 ( 4916 1p6u_A) ( 745 1d4a_A) 0.6469 0.4585 6.1600 ( 1 9 21) 0 0.8051 0.5844 10 15 ( 4916 1p6u_A) ( 786 1dbw_A) 0.8786 0.8786 2.9108 ( 1 16 36) 0 0.8786 0.8786 10 10 ( 4916 1p6u_A) ( 793 1dcf_A) 0.8999 0.8999 2.5349 ( 0 16 36) 0 0.8999 0.8999 10 10 ( 4916 1p6u_A) ( 971 1dxy ) 0.7997 0.8884 3.8119 ( 0 8 28) 0 0.7997 0.8884 10 9 ( 4916 1p6u_A) ( 980 1dz3_A) 0.7999 0.7999 2.7495 ( 0 12 28) 0 0.7999 0.7999 10 10 ( 4916 1p6u_A) ( 1042 1e5d_A) 0.6119 0.6119 4.4552 ( 2 13 36) 0 0.7987 0.7987 10 10 ( 4916 1p6u_A) ( 1177 1eiw_A) 0.5937 0.6103 4.1935 ( 2 13 28) 0 0.5937 0.6103 10 9 ( 4916 1p6u_A) ( 1252 1es9_A) 0.8639 0.7347 5.1178 ( 1 14 36) 0 0.8968 0.7487 10 12 ( 4916 1p6u_A) ( 1253 1esc ) 0.7964 0.4703 7.3420 ( 0 14 28) 0 0.7964 0.4703 10 17 ( 4916 1p6u_A) ( 1266 1euc_B) 0.8997 0.7499 3.4490 ( 0 14 36) 0 0.8997 0.7499 10 12 ( 4916 1p6u_A) ( 1379 1f2v_A) 0.7339 0.4924 4.2065 ( 1 10 28) 0 0.7339 0.5155 10 16 ( 4916 1p6u_A) ( 1397 1f4p_A) 0.6998 0.7775 4.0408 ( 0 9 21) 0 0.7977 0.8850 10 9 ( 4916 1p6u_A) ( 1443 1f8y_A) 0.4000 0.3636 3.5782 ( 0 1 6) 0 0.7337 0.6834 10 11 ( 4916 1p6u_A) ( 1516 1fjg_B) 0.4000 0.3333 2.6052 ( 0 2 6) 0 0.5385 0.4718 10 12 ( 4916 1p6u_A) ( 1547 1flc_A) 0.6996 0.3889 4.8677 ( 0 6 21) 0 0.7789 0.4433 10 18 ( 4916 1p6u_A) ( 1659 1fye_A) 0.4995 0.2778 7.8907 ( 0 1 10) 0 0.9891 0.5550 10 18 ( 4916 1p6u_A) ( 1662 1fyx_A) 0.6999 0.6999 3.4685 ( 0 7 21) 0 0.6999 0.6999 10 10 ( 4916 1p6u_A) ( 1700 1g2i_A) 0.8919 0.6413 5.4752 ( 1 22 36) 0 0.8990 0.6566 10 14 ( 4916 1p6u_A) ( 1803 1gdh_A) 0.7994 0.7994 4.7410 ( 0 6 28) 0 0.7994 0.7994 10 10 ( 4916 1p6u_A) ( 1901 1gpm_A) 0.6999 0.4375 3.1408 ( 0 7 21) 0 0.7642 0.4962 10 16 ( 4916 1p6u_A) ( 2027 1h05_A) 0.7997 0.7271 4.0138 ( 0 3 28) 0 0.7997 0.7271 10 11 ( 4916 1p6u_A) ( 2427 1i7q_B) 0.4996 0.2778 7.5597 ( 0 0 10) 0 0.6792 0.4779 10 18 ( 4916 1p6u_A) ( 2470 1iex_A) 0.8988 0.7495 4.7693 ( 0 8 36) 0 0.8988 0.7495 10 12 ( 4916 1p6u_A) ( 2714 1j2y_A) 0.7995 0.7270 4.3950 ( 0 7 28) 0 0.7995 0.7270 10 11 ( 4916 1p6u_A) ( 2729 1j4a_A) 0.8987 0.8987 4.9138 ( 0 12 36) 0 0.8987 0.8987 10 10 ( 4916 1p6u_A) ( 2809 1jbe_A) 0.8999 0.8999 2.4916 ( 0 16 36) 0 0.8999 0.8999 10 10 ( 4916 1p6u_A) ( 3034 1jrl_A) 0.5994 0.5994 6.5961 ( 0 5 15) 0 0.7993 0.7993 10 10 ( 4916 1p6u_A) ( 3073 1jvn_A) 0.8394 0.4708 4.8130 ( 2 24 36) 0 0.8394 0.4708 10 19 ( 4916 1p6u_A) ( 3189 1k66_A) 0.9995 0.9088 3.3720 ( 0 24 45) 0 0.9995 0.9088 10 11 ( 4916 1p6u_A) ( 3190 1k68_A) 0.8997 0.8997 3.3948 ( 0 15 36) 0 0.8997 0.8997 10 10 ( 4916 1p6u_A) ( 3199 1k7c_A) 0.7993 0.5332 4.9371 ( 0 9 28) 0 0.8963 0.5995 10 15 ( 4916 1p6u_A) ( 3234 1k9v_F) 0.8911 0.4995 5.0778 ( 1 21 36) 0 0.8911 0.4995 10 18 ( 4916 1p6u_A) ( 3238 1ka9_H) 0.8933 0.5618 5.1487 ( 1 23 36) 0 0.8933 0.5618 10 16 ( 4916 1p6u_A) ( 3295 1kgs_A) 0.7640 0.7640 5.2014 ( 1 12 28) 0 0.7992 0.7992 10 10 ( 4916 1p6u_A) ( 3412 1krw_A) 0.8994 0.8994 3.9700 ( 0 13 36) 0 0.8994 0.8994 10 10 ( 4916 1p6u_A) ( 3462 1kwg_A) 0.7645 0.4963 4.0628 ( 1 12 28) 0 0.7996 0.5000 10 16 ( 4916 1p6u_A) ( 3560 1l7d_A) 0.6000 0.3529 2.9985 ( 0 5 15) 0 0.8980 0.5293 10 17 ( 4916 1p6u_A) ( 3581 1l9x_A) 0.7796 0.3475 4.2142 ( 1 14 28) 0 0.7796 0.3870 10 23 ( 4916 1p6u_A) ( 3632 1li4_A) 0.7762 0.4908 3.5725 ( 2 19 36) 0 0.9882 0.5549 10 18 ( 4916 1p6u_A) ( 3801 1m2e_A) 0.7998 0.8885 3.7585 ( 0 12 28) 0 0.7998 0.8885 10 9 ( 4916 1p6u_A) ( 3896 1mb3_A) 0.8999 0.8999 2.3989 ( 0 15 36) 0 0.8999 0.8999 10 10 ( 4916 1p6u_A) ( 4066 1mx3_A) 0.7988 0.7265 5.5340 ( 0 8 28) 0 0.7988 0.7265 10 11 ( 4916 1p6u_A) ( 4130 1n57_A) 0.4994 0.2777 8.5891 ( 0 4 10) 0 0.7085 0.4381 10 18 ( 4916 1p6u_A) ( 4185 1nat ) 0.8998 0.8998 2.9853 ( 0 11 36) 0 0.8998 0.8998 10 10 ( 4916 1p6u_A) ( 4323 1nni_1) 0.8919 0.8131 4.2573 ( 1 21 36) 0 0.8919 0.8131 10 11 ( 4916 1p6u_A) ( 4433 1ny5_A) 0.8982 0.8982 5.3387 ( 0 12 36) 0 0.8982 0.8982 10 10 ( 4916 1p6u_A) ( 4474 1o1y_A) 0.4000 0.2105 4.8015 ( 0 0 6) 0 0.4202 0.3012 10 19 ( 4916 1p6u_A) ( 4590 1obo_A) 0.7996 0.7996 4.2164 ( 0 11 28) 0 0.7996 0.7996 10 10 ( 4916 1p6u_A) ( 4669 1oi7_A) 0.8998 0.8180 3.2271 ( 0 12 36) 0 0.8998 0.8180 10 11 ( 4916 1p6u_A) ( 4787 1ou0_A) 0.8722 0.5273 4.5155 ( 1 15 36) 0 0.8822 0.5281 10 17 ( 4916 1p6u_A) ( 4813 1oxb_B) 0.8999 0.8999 2.6422 ( 0 17 36) 0 0.8999 0.8999 10 10 ( 4916 1p6u_A) ( 4871 1p2f_A) 0.8997 0.8997 3.2604 ( 0 14 36) 0 0.8997 0.8997 10 10 ( 4916 1p6u_A) ( 4905 1p5f_A) 0.6240 0.5500 5.1150 ( 3 20 36) 0 0.8891 0.6408 10 14 ( 4916 1p6u_A) ( 4916 1p6u_A) 1.0000 1.0000 0.0000 ( 0 28 45) 0 1.0000 1.0000 10 10 ( 4916 1p6u_A) ( 4926 1p80_A) 0.8195 0.6672 5.1170 ( 2 22 36) 0 0.9315 0.7486 10 13 ( 4916 1p6u_A) ( 5096 1psd_A) 0.8985 0.9975 5.0595 ( 0 5 36) 0 0.8985 0.9975 10 9 ( 4916 1p6u_A) ( 5234 1q7r_A) 0.9036 0.5491 5.8266 ( 2 24 45) 0 0.9036 0.5491 10 18 ( 4916 1p6u_A) ( 5289 1qcz_A) 0.8993 0.8993 4.1435 ( 0 15 36) 0 0.8993 0.8993 10 10 ( 4916 1p6u_A) ( 5297 1qdl_B) 0.7999 0.4706 3.2175 ( 0 7 28) 0 0.7999 0.4706 10 17 ( 4916 1p6u_A) ( 5364 1qkk_A) 0.8964 0.8964 6.3185 ( 0 15 36) 0 0.8964 0.8964 10 10 ( 4916 1p6u_A) ( 5397 1qo0_D) 0.7892 0.6622 9.7336 ( 0 10 28) 0 0.8667 0.7360 10 12 ( 4916 1p6u_A) ( 5470 1qvz_A) 0.7996 0.5000 4.3294 ( 0 16 28) 0 0.7996 0.5000 10 16 ( 4916 1p6u_A) ( 5673 1rli_A) 0.9166 0.7960 4.6348 ( 2 25 45) 0 0.9166 0.7960 10 12 ( 4916 1p6u_A) ( 5752 1s2d_A) 0.4998 0.5553 6.0803 ( 0 2 10) 0 0.5045 0.5553 10 9 ( 4916 1p6u_A) ( 5785 1say_A) 0.4999 0.2632 4.7094 ( 0 4 10) 0 0.8390 0.4708 10 19 ( 4916 1p6u_A) ( 5842 1sqs_A) 0.5937 0.5082 4.7391 ( 2 13 28) 0 0.7994 0.5713 10 14 ( 4916 1p6u_A) ( 5920 1tmy ) 0.8999 0.8999 2.5114 ( 0 17 36) 0 0.8999 0.8999 10 10 ( 4916 1p6u_A) ( 6242 1vhq_A) 0.4717 0.3513 6.6737 ( 1 7 10) 0 0.8848 0.6399 10 14 ( 4916 1p6u_A) ( 6258 1vi6_A) 0.5999 0.4615 4.2629 ( 0 4 15) 0 0.5999 0.4752 10 13 ( 4916 1p6u_A) ( 6283 1vjg_A) 0.8970 0.7488 6.0418 ( 0 13 36) 0 0.8970 0.7488 10 12 ( 4916 1p6u_A) ( 6496 2nac_A) 0.8988 0.6920 4.7605 ( 0 10 36) 0 0.8988 0.6920 10 13 ( 4916 1p6u_A) ( 6624 5nul ) 0.5997 0.5997 5.6181 ( 0 6 15) 0 0.7992 0.7992 10 10 ( 4916 1p6u_A) ( 6640 7req_A) 0.8997 0.7499 3.4625 ( 0 15 36) 0 0.8997 0.7499 10 12 ( 4916 1p6u_A) ( 6642 7req_B) 0.8996 0.6922 3.7298 ( 0 10 36) 0 0.8996 0.6922 10 13 -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------