------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Top-ranked similarities (based on backbone shifts), as measured by a combination of score and contiguity. Some relevant parameters: HELIX min length: 5 STRAND min length: 3 shift-tolerance = -10 permissible-violations = 4 max-breaks = NIL retain-m = 100 best-n = 100 anglethresh = 0.5 septhresh = 5 min_length = 4 rmsd-tol = 9.9999999999999E12 Legend: ( ix1 chain1 ) ( ix2 chain2 ) rho___12 rho___21 L2_ERROR (Xbad Xsig Xtot) BRK maxrho12 maxrho21 SS1 SS2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ( 3210 1k8k_A) ( 247 1az9 ) 0.2499 0.2856 12.1877 ( 0 4 6) 0 0.3732 0.4250 16 14 ( 3210 1k8k_A) ( 345 1bco ) 0.2499 0.3630 12.5008 ( 0 4 6) 0 0.2499 0.3630 16 11 ( 3210 1k8k_A) ( 463 1bu6_O) 0.4374 0.3888 6.0681 ( 0 12 21) 0 0.4374 0.3888 16 18 ( 3210 1k8k_A) ( 464 1bu6_O) 0.4777 0.4538 7.1050 ( 2 15 28) 0 0.4777 0.4538 16 17 ( 3210 1k8k_A) ( 471 1bup_A) 0.3124 0.3124 8.6205 ( 0 6 10) 0 0.4922 0.4922 16 16 ( 3210 1k8k_A) ( 472 1bup_A) 0.7395 0.9586 5.8768 ( 3 47 66) 0 0.7395 0.9586 16 12 ( 3210 1k8k_A) ( 592 1chm_A) 0.2500 0.3333 8.4091 ( 0 1 6) 0 0.3125 0.4166 16 12 ( 3210 1k8k_A) ( 703 1cxq_A) 0.2499 0.3985 14.1380 ( 0 3 6) 0 0.2499 0.3985 16 10 ( 3210 1k8k_A) ( 713 1cza_N) 0.4374 0.6989 6.3942 ( 0 15 21) 0 0.4374 0.6989 16 10 ( 3210 1k8k_A) ( 714 1cza_N) 0.4343 0.4938 9.6109 ( 1 11 21) 0 0.4343 0.4938 16 14 ( 3210 1k8k_A) ( 934 1dt9_A) 0.3706 0.6039 5.6004 ( 1 8 15) 0 0.3706 0.6039 16 9 ( 3210 1k8k_A) ( 1021 1e3m_A) 0.3125 0.5553 6.0263 ( 0 2 10) 0 0.3125 0.5553 16 9 ( 3210 1k8k_A) ( 1033 1e4f_T) 0.4373 0.4996 7.6400 ( 0 15 21) 0 0.4373 0.4996 16 14 ( 3210 1k8k_A) ( 1034 1e4f_T) 0.6841 0.8366 6.8499 ( 2 41 55) 0 0.6841 0.8366 16 13 ( 3210 1k8k_A) ( 1191 1eke_A) 0.2498 0.2853 15.6383 ( 0 5 6) 0 0.2763 0.2972 16 14 ( 3210 1k8k_A) ( 1223 1eo1_A) 0.2887 0.3846 8.4640 ( 1 4 10) 0 0.2887 0.4997 16 8 ( 3210 1k8k_A) ( 1289 1ewq_A) 0.3898 0.4718 6.1399 ( 2 10 21) 0 0.3898 0.4997 16 10 ( 3210 1k8k_A) ( 1305 1exq_A) 0.2498 0.4404 15.7947 ( 0 4 6) 0 0.2498 0.4404 16 9 ( 3210 1k8k_A) ( 1522 1fjg_K) 0.3750 0.8542 6.4110 ( 0 7 15) 0 0.3750 0.8542 16 7 ( 3210 1k8k_A) ( 1656 1fxx_A) 0.2500 0.1290 8.8211 ( 0 5 6) 0 0.3105 0.2075 16 31 ( 3210 1k8k_A) ( 1778 1g99_A) 0.3125 0.4545 5.7864 ( 0 4 10) 0 0.3125 0.4545 16 11 ( 3210 1k8k_A) ( 1779 1g99_A) 0.4871 0.4871 8.0673 ( 4 24 36) 0 0.4871 0.4871 16 16 ( 3210 1k8k_A) ( 2218 1hjr_A) 0.2500 0.3998 8.1890 ( 0 1 6) 0 0.2500 0.3998 16 10 ( 3210 1k8k_A) ( 2296 1hux_A) 0.5553 0.4960 9.3723 ( 2 25 36) 0 0.5553 0.4960 16 18 ( 3210 1k8k_A) ( 2378 1i39_A) 0.2500 0.3076 9.7709 ( 0 2 6) 0 0.2500 0.3076 16 13 ( 3210 1k8k_A) ( 2483 1ig8_A) 0.4374 0.6359 5.8451 ( 0 11 21) 0 0.4374 0.6359 16 11 ( 3210 1k8k_A) ( 2484 1ig8_A) 0.2500 0.2666 8.5255 ( 0 5 6) 0 0.2910 0.2929 16 15 ( 3210 1k8k_A) ( 2491 1ih7_A) 0.3676 0.2217 4.8942 ( 1 7 15) 0 0.4108 0.2570 16 27 ( 3210 1k8k_A) ( 2619 1iv0_A) 0.2294 0.2490 9.4820 ( 2 5 10) 0 0.2294 0.2941 16 7 ( 3210 1k8k_A) ( 2733 1j54_A) 0.4175 0.5146 5.9817 ( 2 13 21) 0 0.4175 0.5146 16 12 ( 3210 1k8k_A) ( 2775 1j9a_A) 0.2952 0.3083 6.5726 ( 3 10 15) 0 0.2952 0.3083 16 14 ( 3210 1k8k_A) ( 2821 1jce_A) 0.4374 0.5830 5.8099 ( 0 14 21) 0 0.4374 0.5830 16 12 ( 3210 1k8k_A) ( 2822 1jce_A) 0.6529 0.6872 6.4853 ( 4 40 55) 0 0.6529 0.6872 16 15 ( 3210 1k8k_A) ( 2910 1jj2_M) 0.2412 0.3189 12.5677 ( 1 4 6) 0 0.4976 0.7125 16 11 ( 3210 1k8k_A) ( 2954 1jl1_A) 0.2500 0.3998 8.3523 ( 0 3 6) 0 0.3748 0.5975 16 10 ( 3210 1k8k_A) ( 3210 1k8k_A) 1.0000 1.0000 0.0000 ( 0 101 120) 0 1.0000 1.0000 16 16 ( 3210 1k8k_A) ( 3260 1kcf_A) 0.4372 0.5822 8.2406 ( 0 13 21) 0 0.4372 0.5822 16 12 ( 3210 1k8k_A) ( 3286 1kfs_A) 0.2500 0.3333 7.4139 ( 0 1 6) 0 0.2500 0.3333 16 12 ( 3210 1k8k_A) ( 3925 1mgt_A) 0.2499 0.6588 11.2840 ( 0 3 6) 0 0.2499 0.6588 16 6 ( 3210 1k8k_A) ( 4043 1mus_A) 0.2499 0.1481 11.6899 ( 0 5 6) 0 0.3211 0.2427 16 27 ( 3210 1k8k_A) ( 4057 1mwm_A) 0.4988 0.7195 9.1196 ( 1 21 28) 0 0.4988 0.7195 16 11 ( 3210 1k8k_A) ( 4058 1mwm_A) 0.5363 0.6931 6.5767 ( 3 25 36) 0 0.5363 0.6931 16 11 ( 3210 1k8k_A) ( 4191 1nbw_A) 0.2500 0.2222 8.5559 ( 0 2 6) 0 0.4718 0.4280 16 18 ( 3210 1k8k_A) ( 4193 1nbw_A) 0.6108 0.6108 6.3226 ( 3 34 45) 0 0.6108 0.6108 16 16 ( 3210 1k8k_A) ( 4281 1nk4_A) 0.2500 0.3332 9.7692 ( 0 2 6) 0 0.2500 0.3332 16 12 ( 3210 1k8k_A) ( 4391 1nu0_A) 0.3749 0.7482 6.7000 ( 0 8 15) 0 0.3749 0.7483 16 8 ( 3210 1k8k_A) ( 4469 1o13_A) 0.3750 0.7489 5.9228 ( 0 9 15) 0 0.3750 0.7489 16 8 ( 3210 1k8k_A) ( 4935 1p90_A) 0.4373 0.6983 7.1629 ( 0 13 21) 0 0.4373 0.6983 16 10 ( 3210 1k8k_A) ( 5120 1pv9_A) 0.2499 0.3329 13.1553 ( 0 6 6) 0 0.2499 0.3329 16 12 ( 3210 1k8k_A) ( 5243 1q8i_A) 0.2500 0.1429 8.2811 ( 0 3 6) 0 0.4053 0.2696 16 28 ( 3210 1k8k_A) ( 5447 1qtm_A) 0.3107 0.5266 8.0600 ( 1 8 10) 0 0.3107 0.5266 16 9 ( 3210 1k8k_A) ( 5500 1qz5_A) 0.4364 0.6295 4.8019 ( 1 14 21) 0 0.4364 0.6295 16 11 ( 3210 1k8k_A) ( 5501 1qz5_A) 0.9657 0.8693 3.8404 ( 6 97 120) 0 0.9657 0.8693 16 18 ( 3210 1k8k_A) ( 5883 1t7p_A) 0.2500 0.3332 9.7019 ( 0 1 6) 0 0.3250 0.3670 16 12 ( 3210 1k8k_A) ( 5906 1tgo_A) 0.2500 0.1481 8.0549 ( 0 3 6) 0 0.4783 0.2945 16 27 ( 3210 1k8k_A) ( 6064 1uoc_A) 0.3501 0.3445 6.5216 ( 4 15 28) 0 0.4664 0.4449 16 17 ( 3210 1k8k_A) ( 6249 1vhx_A) 0.2500 0.3997 9.5773 ( 0 3 6) 0 0.3570 0.4809 16 10 ( 3210 1k8k_A) ( 6299 1vk0_A) 0.2500 0.2666 7.9447 ( 0 1 6) 0 0.2500 0.2666 16 15 ( 3210 1k8k_A) ( 6323 1vrt_A) 0.2498 0.4949 14.4525 ( 0 3 6) 0 0.3250 0.5142 16 8 -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------