------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Top-ranked similarities (based on backbone shifts), as measured by a combination of score and contiguity. Some relevant parameters: HELIX min length: 5 STRAND min length: 3 shift-tolerance = -10 permissible-violations = 4 max-breaks = NIL retain-m = 100 best-n = 100 anglethresh = 0.5 septhresh = 5 min_length = 4 rmsd-tol = 9.9999999999999E12 Legend: ( ix1 chain1 ) ( ix2 chain2 ) rho___12 rho___21 L2_ERROR (Xbad Xsig Xtot) BRK maxrho12 maxrho21 SS1 SS2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ( 3260 1kcf_A) ( 247 1az9 ) 0.3333 0.2857 4.7142 ( 0 4 6) 0 0.8289 0.7122 12 14 ( 3260 1kcf_A) ( 345 1bco ) 0.4165 0.4542 8.0274 ( 0 5 10) 0 0.4166 0.4545 12 11 ( 3260 1kcf_A) ( 463 1bu6_O) 0.4988 0.3332 9.9298 ( 0 8 15) 0 0.4988 0.3596 12 18 ( 3260 1kcf_A) ( 464 1bu6_O) 0.3333 0.2353 8.2087 ( 0 2 6) 0 0.4164 0.3035 12 17 ( 3260 1kcf_A) ( 471 1bup_A) 0.6625 0.4990 5.0353 ( 1 17 28) 0 0.6625 0.4990 12 16 ( 3260 1kcf_A) ( 472 1bup_A) 0.5723 0.5723 3.7592 ( 1 11 21) 0 0.5723 0.5723 12 12 ( 3260 1kcf_A) ( 592 1chm_A) 0.3333 0.3333 6.6440 ( 0 3 6) 0 0.8302 0.8302 12 12 ( 3260 1kcf_A) ( 703 1cxq_A) 0.4166 0.4999 5.7393 ( 0 3 10) 0 0.4166 0.4999 12 10 ( 3260 1kcf_A) ( 713 1cza_N) 0.6151 0.6918 4.8916 ( 2 17 28) 0 0.6151 0.6918 12 10 ( 3260 1kcf_A) ( 714 1cza_N) 0.6616 0.5690 8.0198 ( 1 18 28) 0 0.6616 0.5690 12 14 ( 3260 1kcf_A) ( 934 1dt9_A) 0.6659 0.8858 6.1983 ( 0 18 28) 0 0.6659 0.8858 12 9 ( 3260 1kcf_A) ( 1021 1e3m_A) 0.7493 0.9970 5.3219 ( 0 18 36) 0 0.7493 0.9970 12 9 ( 3260 1kcf_A) ( 1033 1e4f_T) 0.4985 0.4279 10.6117 ( 0 8 15) 0 0.6630 0.5697 12 14 ( 3260 1kcf_A) ( 1034 1e4f_T) 0.6634 0.6132 4.3147 ( 1 18 28) 0 0.6634 0.6132 12 13 ( 3260 1kcf_A) ( 1191 1eke_A) 0.4166 0.3571 5.9172 ( 0 7 10) 0 0.4166 0.3571 12 14 ( 3260 1kcf_A) ( 1223 1eo1_A) 0.6662 0.9966 5.4869 ( 0 17 28) 0 0.6662 0.9966 12 8 ( 3260 1kcf_A) ( 1289 1ewq_A) 0.6664 0.7994 4.7405 ( 0 14 28) 0 0.6664 0.7994 12 10 ( 3260 1kcf_A) ( 1305 1exq_A) 0.4998 0.6660 6.1473 ( 0 6 15) 0 0.5829 0.7761 12 9 ( 3260 1kcf_A) ( 1522 1fjg_K) 0.5832 0.9979 4.8509 ( 0 10 21) 0 0.5832 0.9979 12 7 ( 3260 1kcf_A) ( 1656 1fxx_A) 0.7530 0.3217 6.9739 ( 3 30 45) 0 0.7530 0.3217 12 31 ( 3260 1kcf_A) ( 1778 1g99_A) 0.6240 0.6652 4.6985 ( 2 18 28) 0 0.6240 0.6652 12 11 ( 3260 1kcf_A) ( 1779 1g99_A) 0.4166 0.3125 5.5519 ( 0 3 10) 0 0.7491 0.5623 12 16 ( 3260 1kcf_A) ( 2218 1hjr_A) 0.8328 0.9987 4.3336 ( 0 29 45) 0 0.8328 0.9987 12 10 ( 3260 1kcf_A) ( 2296 1hux_A) 0.6039 0.4344 5.7481 ( 2 16 28) 0 0.6368 0.4401 12 18 ( 3260 1kcf_A) ( 2378 1i39_A) 0.4166 0.3846 5.1677 ( 0 5 10) 0 0.4166 0.3846 12 13 ( 3260 1kcf_A) ( 2483 1ig8_A) 0.5736 0.5993 5.1008 ( 2 14 28) 0 0.5736 0.6017 12 11 ( 3260 1kcf_A) ( 2484 1ig8_A) 0.6618 0.5317 6.6309 ( 1 17 28) 0 0.6618 0.5317 12 15 ( 3260 1kcf_A) ( 2491 1ih7_A) 0.7241 0.3328 8.1741 ( 2 25 36) 0 0.7241 0.3328 12 27 ( 3260 1kcf_A) ( 2619 1iv0_A) 0.5832 0.9986 4.3483 ( 0 10 21) 0 0.5832 0.9986 12 7 ( 3260 1kcf_A) ( 2733 1j54_A) 0.7481 0.7481 6.7522 ( 0 24 36) 0 0.7481 0.7481 12 12 ( 3260 1kcf_A) ( 2775 1j9a_A) 0.4998 0.4285 6.6993 ( 0 8 15) 0 0.4998 0.4285 12 14 ( 3260 1kcf_A) ( 2821 1jce_A) 0.6626 0.6626 4.3792 ( 1 17 28) 0 0.6626 0.6626 12 12 ( 3260 1kcf_A) ( 2822 1jce_A) 0.6634 0.5323 4.1756 ( 1 18 28) 0 0.6634 0.5323 12 15 ( 3260 1kcf_A) ( 2910 1jj2_M) 0.4166 0.4545 4.4708 ( 0 3 10) 0 0.5673 0.6122 12 11 ( 3260 1kcf_A) ( 2954 1jl1_A) 0.4999 0.5996 5.9164 ( 0 6 15) 0 0.4999 0.5996 12 10 ( 3260 1kcf_A) ( 3210 1k8k_A) 0.5822 0.4372 8.2406 ( 0 13 21) 0 0.5822 0.4372 12 16 ( 3260 1kcf_A) ( 3260 1kcf_A) 1.0000 1.0000 0.0000 ( 0 50 66) 0 1.0000 1.0000 12 12 ( 3260 1kcf_A) ( 3286 1kfs_A) 0.6625 0.6625 5.0628 ( 1 17 28) 0 0.6625 0.6625 12 12 ( 3260 1kcf_A) ( 3925 1mgt_A) 0.3429 0.3947 8.2003 ( 1 4 10) 0 0.3429 0.3947 12 6 ( 3260 1kcf_A) ( 4043 1mus_A) 0.3333 0.1481 6.7952 ( 0 0 6) 0 0.7405 0.3332 12 27 ( 3260 1kcf_A) ( 4057 1mwm_A) 0.5288 0.5454 4.6483 ( 3 18 28) 0 0.5288 0.5454 12 11 ( 3260 1kcf_A) ( 4058 1mwm_A) 0.4166 0.4545 5.9816 ( 0 5 10) 0 0.6662 0.7265 12 11 ( 3260 1kcf_A) ( 4191 1nbw_A) 0.6599 0.4435 5.3044 ( 1 15 28) 0 0.6599 0.4435 12 18 ( 3260 1kcf_A) ( 4193 1nbw_A) 0.6580 0.4979 5.2898 ( 1 14 28) 0 0.6580 0.4979 12 16 ( 3260 1kcf_A) ( 4281 1nk4_A) 0.7133 0.7133 5.9052 ( 2 22 36) 0 0.7133 0.7133 12 12 ( 3260 1kcf_A) ( 4391 1nu0_A) 0.6659 0.9943 6.2508 ( 0 18 28) 0 0.6659 0.9943 12 8 ( 3260 1kcf_A) ( 4469 1o13_A) 0.6663 0.9969 5.3499 ( 0 17 28) 0 0.6663 0.9969 12 8 ( 3260 1kcf_A) ( 4935 1p90_A) 0.6662 0.7989 5.4000 ( 0 17 28) 0 0.6662 0.7989 12 10 ( 3260 1kcf_A) ( 5120 1pv9_A) 0.3333 0.3333 5.1221 ( 0 3 6) 0 0.8113 0.8113 12 12 ( 3260 1kcf_A) ( 5243 1q8i_A) 0.6661 0.2857 5.6723 ( 0 18 28) 0 0.6661 0.2857 12 28 ( 3260 1kcf_A) ( 5447 1qtm_A) 0.3328 0.4422 13.6445 ( 0 5 6) 0 0.5772 0.7535 12 9 ( 3260 1kcf_A) ( 5500 1qz5_A) 0.6626 0.7210 4.3435 ( 1 17 28) 0 0.6626 0.7210 12 11 ( 3260 1kcf_A) ( 5501 1qz5_A) 0.3333 0.2222 7.0343 ( 0 0 6) 0 0.4054 0.3432 12 18 ( 3260 1kcf_A) ( 5883 1t7p_A) 0.5751 0.5751 6.0332 ( 1 12 21) 0 0.5751 0.5751 12 12 ( 3260 1kcf_A) ( 5906 1tgo_A) 0.7474 0.3333 5.5508 ( 1 24 36) 0 0.7474 0.3333 12 27 ( 3260 1kcf_A) ( 6064 1uoc_A) 0.7486 0.5292 6.2746 ( 0 23 36) 0 0.8259 0.5869 12 17 ( 3260 1kcf_A) ( 6249 1vhx_A) 0.7481 0.8953 6.7736 ( 0 26 36) 0 0.7481 0.8953 12 10 ( 3260 1kcf_A) ( 6299 1vk0_A) 0.4164 0.3332 8.9056 ( 0 7 10) 0 0.4447 0.4269 12 15 ( 3260 1kcf_A) ( 6323 1vrt_A) 0.5830 0.8721 6.2093 ( 0 6 21) 0 0.5830 0.8721 12 8 -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------