-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Top-ranked similarities (based on backbone shifts), as measured by a combination of score and contiguity.
Some relevant parameters:
HELIX min length: 5 STRAND min length: 3
shift-tolerance = -10 permissible-violations = 4 max-breaks = NIL retain-m = 100 best-n = 100
anglethresh = 0.5 septhresh = 5 min_length = 4 rmsd-tol = 9.9999999999999E12
Legend:
( ix1 chain1 ) ( ix2 chain2 ) rho___12 rho___21 L2_ERROR (Xbad Xsig Xtot) BRK maxrho12 maxrho21 SS1 SS2
-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
( 4043 1mus_A) ( 247 1az9 ) 0.1852 0.3571 7.4477 ( 0 6 10) 0 0.3703 0.7121 27 14
( 4043 1mus_A) ( 345 1bco ) 0.1481 0.3634 10.3853 ( 0 5 6) 0 0.3681 0.7730 27 11
( 4043 1mus_A) ( 463 1bu6_O) 0.2222 0.3333 5.2449 ( 0 9 15) 0 0.3020 0.4437 27 18
( 4043 1mus_A) ( 464 1bu6_O) 0.1849 0.2916 13.2082 ( 1 7 10) 0 0.2966 0.4336 27 17
( 4043 1mus_A) ( 471 1bup_A) 0.1481 0.2500 6.9282 ( 0 4 6) 0 0.2561 0.3749 27 16
( 4043 1mus_A) ( 472 1bup_A) 0.2591 0.5770 6.8084 ( 1 13 21) 0 0.2591 0.5770 27 12
( 4043 1mus_A) ( 592 1chm_A) 0.2962 0.6618 6.6361 ( 1 17 28) 0 0.3333 0.7460 27 12
( 4043 1mus_A) ( 703 1cxq_A) 0.3703 0.9951 5.4322 ( 1 35 45) 0 0.3703 0.9951 27 10
( 4043 1mus_A) ( 713 1cza_N) 0.2592 0.6985 6.9532 ( 0 12 21) 0 0.2592 0.6985 27 10
( 4043 1mus_A) ( 714 1cza_N) 0.1481 0.2857 7.6075 ( 0 5 6) 0 0.2427 0.3290 27 14
( 4043 1mus_A) ( 934 1dt9_A) 0.2222 0.6661 5.7680 ( 0 8 15) 0 0.2222 0.6661 27 9
( 4043 1mus_A) ( 1021 1e3m_A) 0.2945 0.6758 6.7449 ( 2 15 28) 0 0.3277 0.6758 27 9
( 4043 1mus_A) ( 1033 1e4f_T) 0.2222 0.4284 7.8573 ( 0 7 15) 0 0.3268 0.5702 27 14
( 4043 1mus_A) ( 1034 1e4f_T) 0.2956 0.5904 6.6336 ( 2 19 28) 0 0.2962 0.6109 27 13
( 4043 1mus_A) ( 1191 1eke_A) 0.2963 0.5712 5.4826 ( 0 18 28) 0 0.3579 0.6415 27 14
( 4043 1mus_A) ( 1223 1eo1_A) 0.2593 0.8728 5.7762 ( 0 9 21) 0 0.2593 0.8728 27 8
( 4043 1mus_A) ( 1289 1ewq_A) 0.2853 0.4537 8.4094 ( 3 14 28) 0 0.2853 0.5986 27 10
( 4043 1mus_A) ( 1305 1exq_A) 0.1703 0.2315 6.6465 ( 3 7 10) 0 0.3333 0.9879 27 9
( 4043 1mus_A) ( 1522 1fjg_K) 0.2593 0.9933 6.5013 ( 0 8 21) 0 0.2593 0.9933 27 7
( 4043 1mus_A) ( 1656 1fxx_A) 0.1850 0.1612 8.9154 ( 1 8 10) 0 0.3165 0.3088 27 31
( 4043 1mus_A) ( 1778 1g99_A) 0.1852 0.4544 6.0131 ( 0 5 10) 0 0.2803 0.4544 27 11
( 4043 1mus_A) ( 1779 1g99_A) 0.2220 0.3721 7.9044 ( 1 9 15) 0 0.3311 0.5348 27 16
( 4043 1mus_A) ( 2218 1hjr_A) 0.2588 0.6468 6.4138 ( 1 9 21) 0 0.2588 0.6468 27 10
( 4043 1mus_A) ( 2296 1hux_A) 0.2222 0.3332 8.7869 ( 0 10 15) 0 0.3163 0.4112 27 18
( 4043 1mus_A) ( 2378 1i39_A) 0.1703 0.2260 8.7450 ( 3 7 10) 0 0.3308 0.6188 27 13
( 4043 1mus_A) ( 2483 1ig8_A) 0.2593 0.6359 5.7531 ( 0 12 21) 0 0.2593 0.6359 27 11
( 4043 1mus_A) ( 2484 1ig8_A) 0.1481 0.2666 8.3027 ( 0 5 6) 0 0.3325 0.5848 27 15
( 4043 1mus_A) ( 2491 1ih7_A) 0.1852 0.1852 7.0140 ( 0 5 10) 0 0.3218 0.3218 27 27
( 4043 1mus_A) ( 2619 1iv0_A) 0.2593 0.9977 4.9479 ( 0 9 21) 0 0.2593 0.9977 27 7
( 4043 1mus_A) ( 2733 1j54_A) 0.2591 0.5749 6.9713 ( 1 12 21) 0 0.2591 0.5749 27 12
( 4043 1mus_A) ( 2775 1j9a_A) 0.1852 0.3571 6.1256 ( 0 7 10) 0 0.2081 0.3571 27 14
( 4043 1mus_A) ( 2821 1jce_A) 0.1481 0.3333 5.0009 ( 0 3 6) 0 0.2592 0.5822 27 12
( 4043 1mus_A) ( 2822 1jce_A) 0.2962 0.5320 9.4236 ( 0 18 28) 0 0.3257 0.5326 27 15
( 4043 1mus_A) ( 2910 1jj2_M) 0.1852 0.4545 4.9288 ( 0 5 10) 0 0.2434 0.5453 27 11
( 4043 1mus_A) ( 2954 1jl1_A) 0.2963 0.7991 5.1521 ( 0 15 28) 0 0.2963 0.7991 27 10
( 4043 1mus_A) ( 3210 1k8k_A) 0.1481 0.2499 11.6899 ( 0 5 6) 0 0.2427 0.3211 27 16
( 4043 1mus_A) ( 3260 1kcf_A) 0.1481 0.3333 6.7952 ( 0 0 6) 0 0.3997 0.7592 27 12
( 4043 1mus_A) ( 3286 1kfs_A) 0.2183 0.2575 6.1334 ( 5 13 21) 0 0.2592 0.5824 27 12
( 4043 1mus_A) ( 3925 1mgt_A) 0.1481 0.6660 5.9547 ( 0 3 6) 0 0.1481 0.6660 27 6
( 4043 1mus_A) ( 4043 1mus_A) 1.0000 1.0000 0.0000 ( 0 305 351) 0 1.0000 1.0000 27 27
( 4043 1mus_A) ( 4057 1mwm_A) 0.2593 0.6358 6.1689 ( 0 13 21) 0 0.2593 0.6358 27 11
( 4043 1mus_A) ( 4058 1mwm_A) 0.1481 0.3635 8.0209 ( 0 3 6) 0 0.2583 0.5696 27 11
( 4043 1mus_A) ( 4191 1nbw_A) 0.1852 0.2778 5.8325 ( 0 5 10) 0 0.3103 0.3909 27 18
( 4043 1mus_A) ( 4193 1nbw_A) 0.2153 0.3116 9.6864 ( 3 11 15) 0 0.2445 0.3116 27 16
( 4043 1mus_A) ( 4281 1nk4_A) 0.2860 0.4484 6.9741 ( 4 19 28) 0 0.2920 0.5283 27 12
( 4043 1mus_A) ( 4391 1nu0_A) 0.2222 0.7487 6.1814 ( 0 6 15) 0 0.2222 0.7487 27 8
( 4043 1mus_A) ( 4469 1o13_A) 0.2507 0.2994 6.5323 ( 6 18 28) 0 0.2507 0.6247 27 8
( 4043 1mus_A) ( 4935 1p90_A) 0.2298 0.2564 7.2260 ( 7 18 28) 0 0.2632 0.4998 27 10
( 4043 1mus_A) ( 5120 1pv9_A) 0.1852 0.4166 4.7121 ( 0 4 10) 0 0.3021 0.5826 27 12
( 4043 1mus_A) ( 5243 1q8i_A) 0.1850 0.1785 11.1012 ( 1 8 10) 0 0.3416 0.3325 27 28
( 4043 1mus_A) ( 5447 1qtm_A) 0.1481 0.4443 7.2834 ( 0 3 6) 0 0.2185 0.5547 27 9
( 4043 1mus_A) ( 5500 1qz5_A) 0.1481 0.3636 6.0911 ( 0 2 6) 0 0.2853 0.6351 27 11
( 4043 1mus_A) ( 5501 1qz5_A) 0.2953 0.4374 10.2499 ( 2 18 28) 0 0.2953 0.4374 27 18
( 4043 1mus_A) ( 5883 1t7p_A) 0.2593 0.5829 6.4316 ( 0 15 21) 0 0.2962 0.6608 27 12
( 4043 1mus_A) ( 5906 1tgo_A) 0.1852 0.1852 4.5787 ( 0 6 10) 0 0.3182 0.3182 27 27
( 4043 1mus_A) ( 6064 1uoc_A) 0.2644 0.2927 5.8637 ( 6 18 36) 0 0.3093 0.3481 27 17
( 4043 1mus_A) ( 6249 1vhx_A) 0.3332 0.8829 8.7897 ( 1 24 36) 0 0.3332 0.8829 27 10
( 4043 1mus_A) ( 6299 1vk0_A) 0.2941 0.3588 8.0454 ( 7 26 36) 0 0.2941 0.3990 27 15
( 4043 1mus_A) ( 6323 1vrt_A) 0.2593 0.8721 6.2020 ( 0 10 21) 0 0.2593 0.8721 27 8
-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------